Distributed Computing: POEM@HOME mit ersten Erfolgen
- Ersteller TiKu
- Erstellt am
Erst im Oktober gestartet, kann das Projekt POEM@HOME bereits einen ersten kleinen Erfolg vorweisen: Es arbeitet korrekt.
POEM@HOME wird vom Forschungszentrum Karlsruhe betrieben und befasst sich mit der Vorhersage von Proteinstrukturen, der Interaktion von Proteinen und den Krankheiten, welche durch Proteinfehlfunktionen hervorgerufen werden. Die Ergebnisse werden u. a. für die Entwicklung neuer Medikamente genutzt.
Auf der eigens eingerichteten <a href="http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage" target="_blank">Ergebnisseite</a> sind nun die ersten Resultate zu finden. Die Bilder zeigen zwei Proteine jeweils im ungefalteten (links) und gefalteten (rechts) Zustand. Für das Bild des gefalteten Zustands wurden die von POEM@HOME errechnete Struktur und die experimentell nachgewiesene Struktur übereinander gelegt. Die Abweichungen zwischen Vorhersage und Realität sind dabei erfreulich gering.
Bei dem ersten Protein handelt es sich um einen so genannten <a href="http://de.wikipedia.org/wiki/Tryptophan" target="_blank">Tryptophan</a>-Reißverschluss. Die meisten Proteine mit einer so geringen Größe sind nicht stabil. Dieses Protein erhält seine Stabilität durch seinen speziellen Aufbau, welcher einem Band ähnelt, auf dessen einer Seite alle kettengliedartigen Teilverbindungen und auf der anderen alle haarförmigen Teilverbindungen zu finden sind. Diese haarförmigen Spitzen haben eine Reihe von biologischen Funktionen, was das Protein sehr interessant macht; z. B. spielen sie beim Eindringen von Viren in Zellen eine Rolle.
Das zweite Protein ist ein Helferprotein für den HI-Virus. Das Virus benötigt es zum Eindringen in die Zelle.
Von beiden Simulationen sollen demnächst auch Videos veröffentlicht werden.
Die Untersuchung der beiden Proteine dient vor allem der Verifikation von POEM@HOME. Da das Projekt offenbar korrekt arbeitet, kann man davon ausgehen, dass es nun für <q>echte Forschung</q> genutzt wird.
Natürlich unterstützt auch Planet 3DNow! POEM@HOME mit einem Team und führt derzeit die Statistiken sogar an. Wer das Projekt unterstützen möchte, findet in unserem Distributed Computing Wiki und dem Distributed Computing Forum die nötigen Informationen.
<strong>Links zum Thema:</strong>
<ul><li><a href="http://boinc.fzk.de/poem/" target="_blank">POEM@HOME - Projektseite</a></li><li><a href="http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage" target="_blank">POEM@HOME - Ergebnisseite</a></li><li><a href="http://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php?title=POEM%40HOME">POEM@HOME im Distributed Computing Wiki</a></li><li><a href="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/forumdisplay.php?f=176">Distributed Computing Forum - Abteilung Biologie und Medizin</a></li></ul>
Danke an Toxino für den Hinweis!
POEM@HOME wird vom Forschungszentrum Karlsruhe betrieben und befasst sich mit der Vorhersage von Proteinstrukturen, der Interaktion von Proteinen und den Krankheiten, welche durch Proteinfehlfunktionen hervorgerufen werden. Die Ergebnisse werden u. a. für die Entwicklung neuer Medikamente genutzt.
Auf der eigens eingerichteten <a href="http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage" target="_blank">Ergebnisseite</a> sind nun die ersten Resultate zu finden. Die Bilder zeigen zwei Proteine jeweils im ungefalteten (links) und gefalteten (rechts) Zustand. Für das Bild des gefalteten Zustands wurden die von POEM@HOME errechnete Struktur und die experimentell nachgewiesene Struktur übereinander gelegt. Die Abweichungen zwischen Vorhersage und Realität sind dabei erfreulich gering.
Bei dem ersten Protein handelt es sich um einen so genannten <a href="http://de.wikipedia.org/wiki/Tryptophan" target="_blank">Tryptophan</a>-Reißverschluss. Die meisten Proteine mit einer so geringen Größe sind nicht stabil. Dieses Protein erhält seine Stabilität durch seinen speziellen Aufbau, welcher einem Band ähnelt, auf dessen einer Seite alle kettengliedartigen Teilverbindungen und auf der anderen alle haarförmigen Teilverbindungen zu finden sind. Diese haarförmigen Spitzen haben eine Reihe von biologischen Funktionen, was das Protein sehr interessant macht; z. B. spielen sie beim Eindringen von Viren in Zellen eine Rolle.
Das zweite Protein ist ein Helferprotein für den HI-Virus. Das Virus benötigt es zum Eindringen in die Zelle.
Von beiden Simulationen sollen demnächst auch Videos veröffentlicht werden.
Die Untersuchung der beiden Proteine dient vor allem der Verifikation von POEM@HOME. Da das Projekt offenbar korrekt arbeitet, kann man davon ausgehen, dass es nun für <q>echte Forschung</q> genutzt wird.
Natürlich unterstützt auch Planet 3DNow! POEM@HOME mit einem Team und führt derzeit die Statistiken sogar an. Wer das Projekt unterstützen möchte, findet in unserem Distributed Computing Wiki und dem Distributed Computing Forum die nötigen Informationen.
<strong>Links zum Thema:</strong>
<ul><li><a href="http://boinc.fzk.de/poem/" target="_blank">POEM@HOME - Projektseite</a></li><li><a href="http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage" target="_blank">POEM@HOME - Ergebnisseite</a></li><li><a href="http://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php?title=POEM%40HOME">POEM@HOME im Distributed Computing Wiki</a></li><li><a href="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/forumdisplay.php?f=176">Distributed Computing Forum - Abteilung Biologie und Medizin</a></li></ul>
Danke an Toxino für den Hinweis!
unterstudienrat
Moderator (DC)
☆☆☆☆☆☆
Ich finde es extrem erfreulich, wenn ein so junges Projekt schnell erste Erfolge erziehlt.
Auf das es in der Zuknunft so bleiben wird.
Ich wünsche POEM@HOME für folgenden Zeiten weiter diese Unterstützung aus der gesamten DC-Comunity,
auf das ihre Hardware immer halten wird (auch im Falle einer Rechenleistungsspende der allergrößten Form (Race
))
Gruß
D.U.
Auf das es in der Zuknunft so bleiben wird.
Ich wünsche POEM@HOME für folgenden Zeiten weiter diese Unterstützung aus der gesamten DC-Comunity,
auf das ihre Hardware immer halten wird (auch im Falle einer Rechenleistungsspende der allergrößten Form (Race
))Gruß
D.U.
JKuehl
Grand Admiral Special
Super, endlich eine neue Methode für die Vorhersage von Proteinstrukturen.
Da ich mich derzeit im Studium selbst intensiv damit befasse, und weiß wie schwierig dieses Unterfangen ist, weiß ich diese Leistung zu schätzen. In den Vorlesungen befasste sich der letzte Stand noch damit: "Energy-based-methods could be alot more accurate than actual methods, but are very expensive in terms of computational-resources"
Ich werde also auch in Zukunft meine Rechner weiterhin auf POEM werfen.
Da ich mich derzeit im Studium selbst intensiv damit befasse, und weiß wie schwierig dieses Unterfangen ist, weiß ich diese Leistung zu schätzen. In den Vorlesungen befasste sich der letzte Stand noch damit: "Energy-based-methods could be alot more accurate than actual methods, but are very expensive in terms of computational-resources"
Ich werde also auch in Zukunft meine Rechner weiterhin auf POEM werfen.
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