[Docking] defekte WUs

ICEMAN

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Bis jetzt habe ich keine Defekten WUs mehr gehabt.
 

Mr. Ice

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Toll, und dass im Urlaub...
Hab erstmal alles auf SIMAP geswitched da ich nur kurz zu Hause bin und dann noch mal eine Woche weg...

Gruß,
Mr. Ice
 

erde-m

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Ich bekomme die Meldung: Server error: can't attach shared memory
 

heavy-Ions@boinc

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zumindest leben die Projektbetreiber noch
Hi All,
we have a disk issue. We stopped the generation of new jobs and are looking at the issue.
Sorry for the problem and thank you for the notes!
Michela
 

ICEMAN

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Es geht aufwärts. Es gibt wieder WUs, ob die aber i.O. sind, kann ich noch nicht sagen.
 

Kater Sylvester

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Na dann hoffen wir doch mal, dass es wieder läuft.
Merkwürdig finde ich, dass sich der Fehler genauso äußert, wie das Docking Problem mit einigen Intel Prozessoren und Win 7.
 

MLMapster

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Hallo zusammen,

ich habe derzeit eine Charmm 34a2 6.23 - 1hvl1hbv_mod0014crossdockinghiv1_75723_56247
und die ist nach ca 48min bei 13,375%.

Mal sehen, ob die nicht doch noch Probleme macht, sonst könnte man vll meinen, dass es wieder läuft.
Woanders habe ich aber noch nciht geschaut, ob es allgemein eine Entwarnung gibt.
 

ICEMAN

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Also ich rechne die Woche über schon wieder fleißig und es gab keine Probleme!
 

erde-m

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Ich hatte heute schon wieder einen ganzen Sack voll WUs mit Berechnungsfehler. Wie sieht es bei Euch aus?
 

ICEMAN

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2 Stück heute.
 

heavy-Ions@boinc

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Muss nachschauen wenn ich wieder am richtigen PC sitze
.
EDIT :
.

noch hab ich keine faulen WUs. das problem ist seitens der betreiber diesmal schnell angegangen worden
One of the ligands, ligand 1hih, really did not want to dock into the other protein conformations than the one in which it was observed experimentally. So in the cross-docking simulation, no matter what protein conformation we were using, the simulation was very short and inconclusive, besides crating D@H problems. We removed the whole batch of simulations with this ligand and will work with our scientists to understand the scientific reason for this problem. We are distributing a new batch of jobs with another ligand and this time it seem to work OK.

Protein-ligand docking is definitely not a deterministic thing!

Thanks for the alert!
 

Mr. Ice

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Ich hab auch grad gesehen das ich 2 WUs mit Berechnungsfehler erwischt hab...
Dafür, dass das Projekt bisher eigentlich sehr pflegeleicht war macht es momentan ganz schön viele Probleme... deshalb werde ich vorerst hauptsächlich bei SIMAP bleiben

Gruß,
Mr. Ice
 

Kater Sylvester

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Sodele. Ich bin wieder zu Hause. Ein Rechner hat sich 51 Stunden mit einer defekten Docking WU vergnügt. :(
Auf den zwei durchlaufenden Rechner waren 5 defekte WUs.
 

ICEMAN

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Super Ingo. Inzwischen habe ich 23 Defekte WU abgegeben, an einem PC an dem ich am Wochenende nicht ran komme.
 

Mr. Ice

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und zu allem kommt nun auch wieder das "Low Credit Problem" dazu... 34 Credits für ca. 4 Stunden Rechenzeit, normalerweise sind es 140 Credits...
 

ICEMAN

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Jup geht mir leider auch so! Ich will da die Million voll machen und dann mir ein neues Lieblingsprojekt aussuchen.
 

Mr. Ice

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Wie ist der Stand? Läuft das Projekt wieder stabil?
 

ICEMAN

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Ja keine Probleme mehr und das schon mehrere Wochen.
 

Mr. Ice

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Danke für deine Antwort... werde demnächst auch mal wieder ein System auf Docking switchen
 

Mr. Ice

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Das "Low-Credit" Problem besteht weiterhin... :( aber solange es nicht überhand nimmt störts mich nicht...
 

Kater Sylvester

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Ich habe z.Z. wieder auf vielen Rechnern Abbrüche bei Docking wegen Rechenfehlern.
ich glaube aber ehrlich gesagt nicht, dass es an den Rechnern liegt. Die laufen schon seit Tagen ohne Probleme.
.
EDIT :
.

Innerhalb einer halben Stunde schon wieder 3 Abbrüche auf unterschiedlichen Rechnern.
 

MrBad

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Bei mir laufen bisher alle sauber durch. *noahnung*
 

Mr. Ice

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Ich hab in den letzten beiden Tagen 4 Abbrüche auf einem Rechner, glücklicherweise bereits nach weniger als 10min so dass nicht wieder jede Menge Rechenzeit verloren ging.
 

Kater Sylvester

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Bei mir läuft es jetzt wieder rund.
 
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