Docking@Home - Wir haben ein Team

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Verteidige gemeinsam mit dem P3D Docking@Home Team den ersten Platz!

Teamstats bei Docking@Home
Das P3D Team im Überblick
BOINCstats vom Team

P3D Docking@Home - Project WIKI

Aktuelle Platzierung 1
Mitglieder: 279


[P3D Battlemap]

[09.12.08] Seit Mitte September in der Beta-Phase, Registrierung über BOINC Manager möglich. (Platz 66/16 Mitglieder)
[05.01.09] Neujahrssachstand: 56,065 Cr. Platz 60 / 19 Mitglieder
[02.07.09] Aktuell hat das Team: 781,904 Cr. Platz 30 / 60 Mitglieder : Race ? Abstimmung !
[05.07.09] Wir haben ein Race: Start um 0 Uhr mit 942,911 Cr. von Platz 24 / 85 Mitglieder
[19.07.09] Platz5 erreicht und L'Alliance Francophone überholt mit 7.000,000 Cr. und 225 Mitgliedern
[29.07.09] Um 15:00 Uhr RACE-Ziel erreicht und Team Canada überholt mit 12.000,000 Cr. und 249 Mitgliedern (229 aktiv)
[19.11.09] Platz 1 wird gehalten mit 30.671.316 Cr und 270 Mitgliedern, verfolgt von Phoenix Rising mit 26.840.846 Cr. und Canada mit 20.592.581 Cr.
[09.01.10] Platz 1 wird gehalten mit 39.880.305 Cr und 279 Mitgliedern, "verfolgt" von Phoenix Rising mit 34.893.678 Cr. und Canada mit 23,675,601 Cr.
[18.01.10] Internes Race vom 22.-31.01.10 Stand heute 41.306.444 Cr.
[27.10.13] Martin Karplus, der Vater von CHARMM (der Applikation, die in Docking@home benutzt wird) hat den Nobel Preis für Chemie 2013 bekommen.
[27.10.13] Platz 1 wird gehalten mit 272.321.287 Cr und 399 Mitgliedern, "verfolgt" von Phoenix Rising mit 255.842.088 Cr.

Aktuelles

Das Projekt befindet sich seit Mitte September in der Beta-Phase und man hat die Anmeldung neuer Nutzer dauerhaft freigegeben. [*info]...
Die WUs (ab Charmn 34) haben eine funktionierende Fortschrittsanzeige, Checkpointing.. Die Deadline beträgt 10 Tage.

Auf dem AMD X² 4800+ benötigen sie ca. 8h, auf dem Ph II 940 ca. 5-6h zur Berechnung... Als kleines Schmankerl gibt es noch einen grafischen Bildschirmschoner, in dem man den jeweiligen Complex frei bewegen kann.

Projektneuigkeiten auf Englisch (alle Neuigkeiten):


Projekt-Info

Systeme:

Homepage: http://docking.cis.udel.edu/
(Homepage=Projektadresse für die Anmeldung im BOINC Manager)

Projektstatus: Status

Hintergrund

Medikamente greifen in das komplexe Netzwerk von Regel- und Stoffwechselprozessen eines Organismus ein, meist indem sie an bestimmte Zielmoleküle binden und ihre Funktion beeinflussen. Die Suche nach geeigneten Wirkstoffen bedient sich heute ausgefeilter experimenteller und computergestützter Verfahren, um neue Verbindurigen von therapeutischer Relevanz zu finden. Eine solche computerbasierte Methode ist das molekulare Docking. Diese Methode versucht auf Grundlage der dreidimensionalen Struktur eines Zielproteins zu entscheiden, ob gegebene Verbindungen (Liganden) eine hohe Bindungsaffinität zum Zielprotein besitzen, und zwar bevor die Substanzen synthetisiert werden. Die meisten Ansätze für das Docking-Problem berücksichtigen die Flexibilität der Liganden. Dagegen wird das Protein vor allem aus Effizienzgründen in der Regel als starres Objekt behandelt. Aus experimentellen Beobachtungen weiß man jedoch, daß es auch bei den Proteinen Konformationsänderungen aufgrund der Bindung verschiedener Liganden gibt, die kritisch für das Docking sein können.

.

Quelle: About Docking@Home

Weitere Informationen über das Docking Problem: http://online-media.uni-marburg.de/chemie/bioorganic/theorie/pdf/TeilII_5.pdf (deutsch/uni-marburg)
Weitere Informationen zum Projekt Docking@home im WiKi bei Rechenkraft.net ...

Erfahrungswerte und Mitmacher werden gesucht.

 
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PsyGoku

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Hier rechne auch ab und zu für das Projekt.
Die Berechnugnsdauer variiert bei meinem Xp3000+ zwischen 1 und 4 Stunden.
Werd mal demnächst genauer drauf achten, wenn die anderen zur Zeit zu rechnenden Projekte durch sind.
 

indiana_74

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Habs mal bei zwei Systemen als zusätzliches Projekt drauf. :w_zipfel:
 

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The server is slowly recovering and we expect to distribute jobs again tomorrow. You may have several jobs that are terminating with an error. Please restart the project. The new jobs tomorrow should be free from this error.

Nach einigen technischen Problemen(News) in den letzten Tagen, gibt es also wieder neue Arbeit. Die neue Seite des Projekts ist übrigends sehr schick geworden. Was auch Probleme auf unserer Statspage ausgelöst hatte. Diese wurden aber durch TiKu und Twodee schon behoben (denke ich).
 
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TiKu

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Was auch Probleme auf unserer Statspage ausgelöst hatte. Diese wurden aber durch TiKu und Twodee schon behoben (denke ich).
Ich habe Twodee darauf hingewiesen. Zugriff auf den Quellcode der Seite, sodass ich es selbst fixen könnte, habe ich nicht. Keine Ahnung ob Twodee den Fehler schon behoben hat.
 

Twodee

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Ich habe Twodee darauf hingewiesen. Zugriff auf den Quellcode der Seite, sodass ich es selbst fixen könnte, habe ich nicht. Keine Ahnung ob Twodee den Fehler schon behoben hat.
In diesem Fall lag es aber nicht an der Seite, sondern am Updater, dessen Quellcode auf Anfrage (siehe Internes) zugänglich ist ;)
 

TiKu

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PsyGoku

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Mal eine Frage an alle Aktiven in diesem Projekt.
Habt ihr auch so viele Einheiten, die direkt beim Start mit einem Berechnungsfehler abbrechen?
 

L0rD-Zero

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Also bis letzte Woche Mittwoch oder so hatte ich keine Probleme mit Berechnungsfehlern. Seit dem hab ich es erst mal wieder raus geworfen weil es immer wieder keine WUs gab. Also kann ich dazu nicht viel sagen.
 

PsyGoku

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So, nach mehrmaligen Ab- und Anmelden beim Projekt, scheint es nun ohne Fehler zu laufen. Mal sehen wie lange noch. ^^
 
G

Gast02102016

Guest
Klasse, nach 8,45 Stunden brechen die 8 Docking´s mit Berechnungsfehler ab. Ich könnt so...*glaubses*
 

heavy-Ions@boinc

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Klasse, nach 8,45 Stunden brechen die 8 Docking´s mit Berechnungsfehler ab. Ich könnt so...*glaubses*
das sind die neuen WUs. alle die mit 1hpv anfangen. die haben alle einen fehler. bei mir ist es genauso. brech die ab und setzt das projekt auf no new work bis die projektadmins das behoben haben
 
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MrBad

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Da will man ein Profil erstellen und dann kommt sowas:

To prevent spam, an average credit of 50 or greater is required to create or edit a profile. We apologize for this inconvenience.

Da muß man doch was machen!? ;)

MB ;D
 

ICEMAN

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Ich habe mich nun auch angemeldet aber irgendwie wird Docking nicht in meiner Statistik angezeigt, mit den anderen Projekten obwohl ich überall die gleiche CPID habe!

Weis einer was das sein kann?
 

MrBad

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Moin,

einfach mal abwarten. Das dauert schonma nen Moment.

MB
 

camo

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Gibt es in den Berechnungszeiten einen Unterschied zwischen Linux und Windows sowie x86 und x86_64?
 

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Schön das die Dockingstats wieder funktionieren.

Damit es auch der Letzte mitbekommt: Wir haben ein Race, einen Faden dazu gibt es hier: [url="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?p=3978331]Race bei Docking@Home zum 1. Platz[/url]

Ich versuche etwas Buch zu führen, wie immer im Startbeitrag dieses Projektfadens unter [P3D Battlemap]. ;)
 

Gipsel

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Was sich die Projekte immer für einen Schwachsinn für die Credits ausdenken, finde ich unglaublich. Da denken die schon ewig bei Docking drüber nach, wie man das besser machen könnte, bekommen es aber nicht hin, einfach mal feste credits zu vergeben *noahnung*

Mit dem momentanen System der Benchmark basierten Credits ohne Quorum (man bekommt direkt was man claimed) bestraft man effiziente CPUs (d.h. welche die bei gleichen Benchmarkwerten trotzdem schneller sind) und ermöglicht überdies ganz einfach das Cheaten über manipulierte Benchmarkwerte. Daß die Benchmarks von BOINC sowieso für die Tonne sind (variieren je nach Version und Betriebsystem teils erheblich) kommt da nur dazu.

Die Genialität der Docking-Leute sieht man überdies darin, daß bei den anderen benchmarkbasierten Projekten üblicherweise ein Mittelwert aus Integer und Fließkomma-Wert gebildet wird (1:1 oder 1:2 gewichtet), Docking aber 1:19 (neunzehn!) gewichtet. Da der Integer-Benchmark aber meist deutlich höher vom Zahlenwert ist (üblicherweise etwa doppelt so hoch), claimed Docking so exorbitant niedrig im Vergleich zu den anderen Projekten (der Integer-Wert fließt praktisch nicht ein). Einen kleinen Ausgleich dafür gibt es dadurch, daß der Ideal-Standard-Rechner mit 1000 MFlops und 1000 MIPs Benchmarkwerten nicht 100 credits am Tag claimen würde, sondern 1000 credits die Woche. Also die haben es irgendwie ziemlich vermurkst 8-(

Als Referenz mal die Berechnungsformel der Docking-Credits mit t der Zeit in Sekunden und f bzw. i den Fließkomma- bzw. Integer-Benchmarkwerten in Millionen Instruktionen pro Sekunde:

Credits = t * (19 * f + i) / 12 096 000
 

TeraLord

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lol, das heißt es rentiert sich creditmäßig, wenn mein Läppi 30h an ner WU rumknabbert;D ...oder ein Atom.
Weil in dem Whetstone Benchmark hat der trotzdem 2000 bekommen, rechnet halt trotzdem arsch langsam...
 

ICEMAN

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Das habe ich in dem Race Thread schon geschrieben, dass die langsameren PC mehr Credit bekommen.
 

ceVoIX

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Würde bedeuten, den Rechner runtertakten bzw, auf normal Takt lassen bringt mehr als zu Übertakten?
Grrrr, hab den extra auf 4,4GHz geprügelt wegen dem Race:[
 

ICEMAN

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Na ja du bist halt schneller beim berechnen der WU's und kannst somit mehr WU's rechnen. Ist halt die Frage was mehr bringt. Schneller berechnen oder mehr Credit bekommen aber langsamer sein.
 

ceVoIX

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Kann ja mal 24h mit 4,4GHz laufen lassen, dann nochmal mit 3,3GHz und mit 2GHz.
 
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