Generell: Ich hatte ein ähnliches Problem mal, weil beim Update unterschiedliche Spiegelserver ausgewählt waren. Eventuell hatte ich so unterschiedliche Zustände bei den Servern für Updates. Konnte mein Problem damals durch identische Spiegelserver beheben.
Bei LibreOffice gab es ein größeres Update, daher hätte ein Neustart vom OS evtl. geholfen. Aber das hattest du vermutlich schon gemacht?