Mapping Cancer Markers

Ali

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Es gibt mal wieder ein neues Unterprojekt beim WCG, welches sich mit dem Thema Krebs befasst - Mapping Cancer Markers.

Es beschäftigt sich vornehmlich mit der Krebsfrüherkennung aus Tumorgewebeproben und der vorhersage der optimalen Behandlungsstrategie. Es werden hierbei gesunde menschliche Zellen wie auch Krebszellen untersucht und versucht "Markierungen" bzw. "Muster von Markierungen" zu finden, welche auf Krebs schliessen lassen.

Es gibt hierbei 3 wesentliche Ziele, 1. Krebs früh erkennen, 2. Hochrisikopatienten identifizieren und 3. Voraussagen zu treffen zur Behandlung.

Dear World Community Grid volunteers,

We're excited to introduce you to our new project, Mapping Cancer Markers.

Most cancers lack effective markers to detect disease early, to identify high risk patients (prognostic signatures), and to predict optimal treatment strategy (predictive signatures). The main challenge is learning from and using the enormous amounts of complex, molecular data from tumor samples. Many methods have been introduced to generate prognostic and predictive signatures from these data, but we lack systematic approaches to find all useful signatures, and to select the best one.

Counter intuitively, good signatures comprise not only the most
differential markers. Identifying these less differential markers - "the best supporting actors" - calls for novel, integrative approaches as current statistical and machine learning methods fail in this task.

The Mapping Cancer Markers (MCM; http://www.cs.utoronto.ca/~juris/MCM.htm )
project aims to comprehensively and systematically discover clinically
useful markers to help:

1. Detect cancer early,
2. Identify high-risk patients, and
3. Predict treatment response.

To power this research, we rely on World Community Grid volunteers who
donate their computers' spare capacity to carry out this extensive
analysis. Finding all clinically useful markers would require processing thousands of patient samples and testing an astronomical number of marker combinations, which is not feasible even on World Community Grid.

We developed approaches called heuristics to reduce the search space,
enabling us to tackle this challenge. However, the success of MCM project is only enabled by World Community Grid with the computing resources donated by volunteers around the world.

Considering the diversity of analyses and data, we will have large
variation in runtimes and work unit duration. We will keep you updated on the progress and discoveries, and would be happy to answer any questions you may have about the project.

We hope you will find our project interesting, and support its goals. With your participation, we will form the largest "cancer research team" in the world.

Link zum Forumseintrag beim WCG

Und hier noch die neuen Badges.

mcm1_0.jpg
Bronze
mcm1_1.jpg
Silber
mcm1_2.jpg
Gold
mcm1_3.jpg
Rubin
mcm1_4.jpg
Smaragd
mcm1_5.jpg
Saphir

Gruß Ali
 
Super! Endlich! und schon angeworfen :)
 
Bin schon dabei..
Endlich mal wieder ein sinnvolles Projekt rechnen.
 
XSmeagolX schrieb:
12.November 2013 20:55 Uhr


Na, haben die Bunker-Cruncher das Projekt leergesaugt??

"No tasks available for Mapping Cancer Markers"

Zusatz:
Das Projekt wird für ein paar Tage pausiert!
Es müssen Code-Modifizierungen vorgenommen werden, da der Zufallsgenerator für die WU-Erstellung nicht richtig programmiert war. Dies hatte zur Folge, dass nicht weitere Bereiche des Projekts berechnet wurden, sondern gleiche, die bereits mit anderen WUs berechnet worden sind.
Nach der Modifizierung wird es einen weiteren Beta-Test geben, um zu prüfen, ob dann alles wieder richtig funktioniert. Wenn der Test positiv ist, geht es mit "full speed" bei diesem Projekt weiter!

Zu lesen hier: https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35801

http://www.seti-germany.de/forum/251674-post53.html
Demnach ist "Mapping Cancer Markers" für die Challenge am 16.11. vorerst nicht geeignet.
 
Ohm Mann, :( . Dann doch die Saubere Energie...
 
die verteilen gerade viele Emails, dass man da mit rechnen/helfen soll
 
Ich bin dann auch mal mit dabei. Die ersten WU's trudeln grad ein*clap*
 
Wie sieht eigentlich das Saphir Badge aus, Blau/Blau... *buck*
 
Ich habe in letzter Zeit abartig lange Rechenzeiten bemerkt.
Die meisten WUs brauchen ca. 5-6 Stunden, einige 8-10 Stunden, aber einige wenige sind auch gut 18 (FX@4GHz) oder gar 25 (X2@2,6GHz) Stunden am rechnen.

Geht das auch Anderen so?
Wenn ich solche WUs dann wochentags mit nur 4-5 Stunden pro Tag Laufzeit verarzten will, ist man ja schnell mit der deadline in Konflikt. :(
 
Ich habe mich erst vor 2 Tagen bei WCG angemeldet. Habe auf meinem I7-2600k (@3.6 GHz) ~7-8 Stunden WUs gehabt, aber momentan laufen auch Einheiten die wohl deutlich über 10 Stunden dauern werden.

Auf den Xeons L5639 (@2.4 GHz) sind die kürzeren Einheiten mit rund 10 Stunden unterwegs, wärend ich auch gerade aktive mit schon über 15-16 Stunden habe.

Es scheint für die langen auch mehr Credits zu geben... äquivalent zur längeren Rechendauer.

Das mit den 4-5 Stunden pro Tag ist natürlich ein Problem :(
 
Ich habe das "Problem" nun erstmal gelöst durch ein paar Tage 24/7. :D
 
Ich habe das "Problem" nun erstmal gelöst durch ein paar Tage 24/7. :D
Sind bei dir am Anfang von MCM, auch so schnelle Durchlaufzeiten dabei gewesen?
Bei mir werden zwar 5-6 Stunden geschätzt, rechnerisch komme ich auf 190 Minuten pro WU, bei 4.1GHz (HPC Mode)
Mal abwarten bis die ersten WUs fertig sind. ;)
 
Für mich sieht es so aus, dass die geschätzen Laufzeiten viel zu niedrig sind. Außer bei den kurzen WUs, da stimmt es ungefähr.

Aktuell habe ich z.B. eine WU, die bereits seit 8 Stunden läuft, jetzt bei 49% steht und der erzählt mir was von 2 Stunden Restlaufzeit.
Aber es gibt durchaus verschiedene Schätzungen. Die einen noch nicht bearbeiteten WUs sind mit 6 Stunden angegeben, andere mit 4:30
 
Wenn Du die µCode info Version meinst, das wäre die 0600081C.
BDC sagt mir gerade, ich sollte vielleicht mal das Bios updaten. Hm. Ich hab noch Version 1302, über 1 Jahr alt.

PS: Gerade wieder eine WU bekommen, die bis 14.1. fertig sein muß. Zum Glück bin ich die in 6 Stunden wieder los.
 
Zuletzt bearbeitet:
@MagicEye04
Bios update ist nicht notwendig, einfach den "Fix" Button klicken (patched manually)
Wenn es eine neues offizielles Bios gibt, dann kannst updaten. Beta muss man sich nicht antun, so lang die Errata manuell gefixt werden können. ;)
(Der Fix bleibt bis zum nächsten herunterfahren erhalten, wenn der PC aus war, muss neu gepätscht werden!)

Aktuell habe ich Version 2103 mit 6000822
 
Es gibt sogar 6 offizielle neue updates. Die letzten improven die system stability, kann also nicht schaden.

Ein Patch, der den Neustart nicht überlebt, kann mir gestohlen bleiben.
 
Ein Patch, der den Neustart nicht überlebt, kann mir gestohlen bleiben.
Daher schreibe ich ja "herunterfahren", nach einem Neustart ist der Patch noch aktiv, kannst mit dem BDC überprüfen. ;)
 
Ein Neustart besteht bei mir aus Herunterfahren, Schlafen gehen, Hochfahren.
 
@MagicEye04
Ja, Windows fährt auch bei einem Neustart herunter, das ist mir schon klar. :)
Ich meine, wenn der PC nicht mit dem Einschalt Button gestartet werden muss, bleibt der Patch (bei mir) erhalten. (Bios/UEFI Version 1803)
 
Und was bewirkt dieser Patch nun überhaupt?
Rechnet die CPU dann schneller bei MCM?
 
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