POEM@Home - wir haben ein Team

hmm... der zweite AMD Server langweilt sich auch - mal schauen...

;-)
 
Hi Rular

Ich fahr dann mal rechts ran, damit du gefahrlos überholen kannst. ;D
 
@Rular
Innerhalb von gut 2 Jahren über 11 Mio zu machen ist super, klasse Leistung!
 
Hi Rular

Auch von mir einen herzlichen Glückwunsch zum ersten Platz bei POEM. *motz**nein*;D
 
Deutsch: Nach einer langen Debug-Periode und einer Menge numerischer Ungenauigkeiten, wollen wir heute abend den letzten Windows Test vorm Release durchfuehren. Falls heute also alles glatt geht, gibt es morgen den naechsten POEM++ release fuer 32 Bit Windows und 64 Bit Linux. Vielen Dank fuer eure Geduld!

Mal sehen vielleicht klappt es
 
Wie siehts denn mit nem Win64 Client aus?
 
http://boinc.fzk.de/poem//forum_thread.php?id=246&nowrap=true#3268
POEM++ ist der interne Projektname für die nächste große POEM Version.
Wie es am Ende heissen wird, ist noch zu entscheiden^^.
POEM++ wird OpenCL Routinen mit sich bringen.

Ich werde auf http://www.timo-strunk.de/ öfter mal etwas dazu schreiben. Abgesehen davon kann ich berichten, dass eines unserer Paper veröffentlicht wurde und wir dazu bald einen neuen Results Eintrag schreiben werden.

Das war am 30 Sep 2009... Weiß jemand bezüglich GPUC mehr (bin nicht in der Mailingliste)?
 
Nov 19 , 2010 - POEM++ - new client release cont.
English: As always there will be a short delay until Monday. This is however not, because POEM++ proved to be unstable again, but because we ran into some compilation constraints. Monday will be release day now. Thanks for your patience.

Deutsch: So wie immer gibts auch heute eine kleine Verzoegerung bis Montag. Das ist allerdings nicht, weil wir weitere Bugs in POEM++ gefunden haben, sondern weil es ein paar letzte Kompilierungsproblemchen gab. Montag ist neuer Releasetermin. Sorry und danke fuer eure Geduld.
 
Nov 23 , 2010 - POEM++ - 0.04 released

English: The new executable and 5000 POEM++ Jobs are now up. If everything works out, we will soon ramp up the POEM++ workunits and starve the -oldpoem- ones.
Deutsch: Die neue POEM++ exe ist nun zusammen mit 5000 POEM++ Jobs auf den Server geladen. Wenn alles glatt geht, werden wir langsam den Anteil an POEM++ Jobs anheben und die POEM Jobs auslaufen lassen. Nochmal danke fuer eure Geduld!


Bin mal gespannt ob dieser release läuft...
habe bisher noch keinen davon abbekommen.

hat einer von euch schon so ne neue WU berechnet ?
Angeblich sind die credits nicht sehr hoch
 
Nov 26 , 2010 - POEM++ - 1F4I jobs - small hiccups
English: The 1F4I jobs come with a small hiccup today. On current machiens they should run about 1 hour, however the checkpointing path is wrong in these workunits. 5000 Workunits are circulating and they are already sent out, so we don't want to abort them (otherwise there would be not credit). Sorry for the inconvenience.
Deutsch: Die heute heraussgeschickten 1F4I Jobs haben etwas Schluckauf, da Checkpointing bei ihnen nicht korrekt funktioniert, weil der Checkpointpfad falsch gesetzt ist. 5000 dieser Workunits wurden rausgeschickt - die wollen wir allerdings nicht abbrechen, weil ansonsten auch durchgelaufene Workunits keinen Credit bekommen wuerden. Bitte entschuldigt den Patzer unsererseits.
 
Bin mal gespannt ob dieser release läuft...
habe bisher noch keinen davon abbekommen.

hat einer von euch schon so ne neue WU berechnet ?
Angeblich sind die credits nicht sehr hoch

Beim durchschauen hab ich grade 4Stk. bei mir entdeckt. POEM++ v0.04 Run Time 3375-4013sec, Granted credit 12,85-13,16.
System war ein Ph2 X2 550.
 
Hi@All

da es mir ein persönliches Bedürfnis ist meine Rechenpower einem nützlichen Projekt zur Verfügung zu stellen und ich aus dem grünen Planeten schon länger aber eher unauffällig meinen nutzen ziehe bin ich nun eurem Team beigetreten. So kann ich dann auch etwas zurückgeben.

Lets crunch together.

Gruß
 
Super *greater* Willkommen im Team
 
Viel spaß mein WU Knuspern.
 
Hi Würgespinne

Na dann auch von mir ein herzliches Willkommen im Team. *greater*
 
Hi@All

da es mir ein persönliches Bedürfnis ist meine Rechenpower einem nützlichen Projekt zur Verfügung zu stellen und ich aus dem grünen Planeten schon länger aber eher unauffällig meinen nutzen ziehe bin ich nun eurem Team beigetreten. So kann ich dann auch etwas zurückgeben.

Lets crunch together.

Gruß
Eine noble Einstellung! *great*

Willkommen beim besten Team des Universums!
 
Nach der Einführung des neuen poem++ Clients im November wurde es bezüglich des Projekts ziemlich ruhig. Habe daher mal wieder versucht mit einem der Projektverantwortlichen Timo Strunk Kontakt aufzunehmen.

Hier seine wie ich finde aufschlußreichen Antworten:
Interessant für unser Forum hier insbesondere die Cruncher.
Das KIT wird für dieses Projekt ihre Serverfarm zukünfftig wohl eher
mit AMD Prozessoren bestücken da bei open cl Anwendungen Hyperthreading
wohl weniger gut funkioniert.
In Sachen eines gpu clients sind sie nach wie vor in der Entwicklung und auf
gutem Wege. Die gpus werden jedoch mit für insbesondere für gpu optimierte Anwendungen versorgt.

Message 3961 - Posted 21 Jan 2011 15:24:46 UTC - in response to Message 3960.


Last modified: 21 Jan 2011 15:31:16 UTC

Hallo zusammen,

bin noch an Bord. Sorry in der Phase Dezember / Januar sind meist sehr viele Deadlines, weswegen die Community darunter leider etwas gelitten hat.

1) Seid ihr selbst zufrieden mit der Entwicklung des poem++ Projekts?

Sehr zufrieden. Insgesamt hat sich POEM++ als sehr flexibel erwiesen; Wir k?nnen nun nicht 'nur' Proteine simulieren, sondern auch Proteine auf Oberfl?chen, Membranen (z.B. f?r Medikamententransfer etc.) oder auch mal nicht-proteinogene Systeme.

2)Liefert der client die erwuenschten geplanten Ergebnisse?

Ja, die Energien von Altpoem und P++ sind kompatibel; dementsprechend liefert P++ f?r Proteine vergleichbare Ergebnisse, aber eben erweitert um die oben genannten Dom?nen.

3)Stimmt die performance? Es wurde ja von einer 7-fachen Leistung gesprochen.

Das Sasa (was uns bei jpoem sehr gest?rt hat) ist weitaus schneller. Das sch?ne ist, dass es linear skaliert. Jpoem hatte bei sehr gro?en Proteinen immer Probleme mit dem Speicher und der Laufzeit, weswegen wir zum Beispiel bei 500+ Aminos?uren nicht auf POEM@HOME rechnen konnten. Das k?nnen wir nun.

4)Bisher laeuft poem++ meines Wissens nur auf der cpu, welche CPU Generation
profitiert besonders?

Uff, das ist tats?chlich etwas schwerer zu beantworten. Ich nehme an, dass der Linux Client ab SSE2 Vorteile bringt weil da vor allen Dingen Matrix Vektor-Gleichungen gut laufen. Eins ist sicher: Echte Kerne sind f?r uns besser als Hyperthreaded Kerne: Oder anders gesagt: In unsere Cluster w?rden wir wohl eher die gro?en AMD CPUs stecken, als die gro?en Intels, weil wir da einfach mehr CPUs pro Fl?che bekommen.

5)Wo liegen die Haken im Bereich der Entwicklung des GPU clients?
Sind die Entwicklungs tools noch nicht ausgereift?
Die Entwicklung des Cpu Clients hat ja auch viel laenger gedauert als gedacht.

Das schoene an der GPU Entwicklung ist: Man braucht bis auf die SDKs keine (oder nicht viele) Entwicklungstools. Als Haken koennte man sehen, dass man sehr sehr viele Energieterme komplett umschreiben muss, damit sie parallel schnell ausgefuehrt werden koennen. GPU Cores koennen nur schwer miteinander kommunizieren.

Zur Verteilung der App, wenn sie fertig ist gibts in letzter Zeit einige schoene Entwicklungen: Einerseits scheint ATI dazu ueberzugehen die Stream SDK unter Windows mit dem Catalyst auszuliefern, andererseits haben die BOINC Leute nun auch mehr Zeit in den OpenCL Support investiert.

6)Gibt es einen aktuellen Zeitplan wann der gpu client vom Stapel laufen soll

Uff, jein. Wir setzen gerade eine Simulation mit einem speziellen Kraftfeld auf, welches wirklich nur auf der GPU laeuft, also keinen CPU Anteil hat. Das enthaelt nicht die vollen Interaktionen, soll aber schnell fertig sein.
Ich will hier kein Datum geben, weil in der Wissenschaft einfach immer sehr viele Projekte dazwischenkommen.

7)Wie gross/klein ist euer Entwickler Team? Wird es vergroessert? Stimmen die finanziellen Mittel?

Hier findest du unsere Gruppe:
http://www.research.kit.edu/biostruct/staff.php
Wir sind momentan recht gro?, allerdings arbeiten nicht alle aktiv am Code. Die meisten f?hren aber zumindest Simulationen mit P++ durch. Sie wurde erst letztlich vergroessert um eine Person, die sich nun hauptsaechlich um die Integration eines Codes zum Medikamentenscreening kuemmern wird.

8)Wie funktioniert die Zusammenarbeit mit der BOINC Institution?
Wie offen ist die Zusammenarbeit? Ich meine verteiltes Rechnen ist ja ne nette Idee aber Rechenpower bedeutet ja eben auch Macht und Einfluss
ist hier alles so frei und unreglementiert wie der Laie vermutet?
Rechenkraft koennte ja eben auch fuer ungeliebte Dinge eingesetzt werden.

Ja, ist komplett unreglementiert. Es gibt auch wirklich keinerlei Konkurrenz. Erst vor einiger Zeit hab ich Leute von Rosetta@Home auf einer Konferenz getroffen und nett mit ihnen ?ber unsere und deren Algorithmen gesprochen. Unter anderem hab ich da auch erfahren, dass deren User wohl mal einen Aufruf gegen POEM@HOME machen wollten, die Admins das aber alles runtergespielt und gestoppt haben. Wir sehen uns als Wissenschaftler. Wenn irgendjemand Krebs heilen kann, ist ziemlich egal, wer das macht; hauptsache er ist geheilt.

hoffe er ist noch an Bord.
isser :)

Gru?,
Timo


http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=246&nowrap=true#3961


Grüße Thorsten
 
Hi Leute,

nach relativ langer Boinc-Abstinenz lasse ich meinen taufrischen i2-2600k mal wieder für Poem@Home rechnen. Ich werde es allerdings voerst nicht mehr ganz so "professionell" angehen, wie bis vor 2 Jahren, als zeitweise 30-40 Systeme crunchten.

Bei den Servern ist es heutzutage leider so, dass eine CPU-Vollast Datenbanken und Anwendungen teils stark behindern. Deswegen kann ich da nicht mehr so viel Vollgas geben.

Aber wie schon geschrieben, mien 2600k ist, wenn er läuft (also kein 24/7) wieder mit dabei :) .
 
Schön, dass du wieder mitcrunchst. Im Moment läuft der Pentathlon von SG, bei dem der Planet gute Chancen auf den 3. oder gar 2. Platz hat. Da werden z.Zt. QMC, Rosetta und YoYo gerechnet. Wenn du also da mithelfen könntest, immer ran!
 
Schön, dass du wieder mitcrunchst. Im Moment läuft der Pentathlon von SG, bei dem der Planet gute Chancen auf den 3. oder gar 2. Platz hat. Da werden z.Zt. QMC, Rosetta und YoYo gerechnet. Wenn du also da mithelfen könntest, immer ran!

Ab heute Mittag wird QMC (oder vielleicht auch Rosetta) gecruncht.
 
Die beiden Projekte sind allerdings seit heute Nacht abgeschlossen. Jetzt bleibt nur noch yoyo übrig.
 
[MTB]JackTheRipper;4429841 schrieb:
Die beiden Projekte sind allerdings seit heute Nacht abgeschlossen. Jetzt bleibt nur noch yoyo übrig.

Bin jetzt nicht auf dem aktuellesten Stand: bringt bei yoyo ein i7-2600k was oder ist es ein Projekt, wo ehern die Grafikkarte was reißen kann?
 
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