Projektnews SiDock@Home: Target 11 - Sprot_delta_v1

P3D-Bot

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Dear Participants,

We continue diligently with the calculations. Now we are breaking through a series of protease studies to explore a new target, the RBD (receptor-binding domain) Sprot domain surface interacting with ACE2. This is the much-discussed spike protein that also contributed to the naming of coronavirus. We focus here on Sprot from the delta variant (B.1.617.2), specifically a Cryo-EM structure of Sprot with an RBD in up conformation. In comparative variant studies, we will try to determine if there is a specific discrimination upon binding of small ligands. This may help us better understand this PPI surface in further studies and even develop a small molecule probes to study these interactions.
Thank You all and we look forward to future studies together!

With best wishes,
Team SiDock@home

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Ritschie

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Liebe Teilnehmer,

Wir arbeiten fleißig weiter an den Berechnungen. Jetzt durchbrechen wir eine Reihe von Proteasestudien, um ein neues Ziel zu erforschen, die RBD (receptor-binding domain) Sprot domain surface, die mit ACE2 interagiert. Dabei handelt es sich um das vieldiskutierte Spike-Protein, das auch zur Namensgebung des Coronavirus beigetragen hat. Wir konzentrieren uns hier auf Sprot aus der Delta-Variante (B.1.617.2), insbesondere auf eine Cryo-EM-Struktur von Sprot mit einer RBD in aufrechter Konformation. In vergleichenden Variantenstudien werden wir versuchen festzustellen, ob es eine spezifische Unterscheidung bei der Bindung kleiner Liganden gibt. Dies könnte uns helfen, diese PPI-Oberfläche in weiteren Studien besser zu verstehen und sogar eine kleine Molekülsonde zu entwickeln, um diese Wechselwirkungen zu untersuchen.
Ich danke Ihnen allen und wir freuen uns auf zukünftige gemeinsame Studien!

Mit besten Grüßen,
Team SiDock@home

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