Projektnews World Community Grid: Volunteers tested 15 trillion signatures for Mapping Cancer Markers project

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In this update, coinciding with the 17th anniversary of WCG, the research team summarizes the contribution of all volunteers to each type of tumor and signature size that Mapping Cancer Markers has studied so far.

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[Ritschie]

Freiwillige testeten 15 Billionen Signaturen für das Projekt Mapping Cancer Markers​

In diesem Update, das zeitgleich mit dem 17. Jahrestag der WCG erscheint, fasst das Forschungsteam den Beitrag aller Freiwilligen zu jeder Tumorart und Signaturgröße zusammen, die Mapping Cancer Markers bisher untersucht hat.

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Project: Mapping Cancer Markers

Veröffentlicht: 16 Nov 2021

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Hintergrund
Mapping Cancer Markers (MCM) zielt darauf ab, die Marker (manchmal auch als Signaturen bezeichnet) zu identifizieren, die mit verschiedenen Krebsarten in Verbindung stehen. Im Rahmen des Projekts werden Millionen von Datenpunkten analysiert, die von Tausenden von Gewebeproben gesunder und krebskranker Patienten stammen. Bislang wurden Gewebeproben von Lungenkrebs, Eierstockkrebs und Sarkom untersucht.

Ein Blick auf den enormen Beitrag der Freiwilligen

Jede Arbeitseinheit von Mapping Cancer Markers testet mehrere Gruppen von Biomarkern anhand eines Krebsdatensatzes auf ihre Verwendung als diagnostische oder prognostische Signaturen. Derzeit ist dieser Datensatz unser Sarkom-Datensatz. MCM hat bisher drei Datensätze untersucht: Lungenkrebs, Eierstockkrebs und Sarkom. Für Lungen- und Eierstockkrebs untersuchte MCM unterschiedliche Signaturlängen (d. h. unterschiedliche Anzahl von Genen, die in die Signatur aufgenommen wurden), während die Sarkom-Signaturen alle die gleiche Länge, aber unterschiedliche Zusammensetzungen haben (d. h. sie enthalten Marker, die mit unterschiedlichen Techniken und in unterschiedlichen Prozentsätzen gemessen wurden). Zum Zeitpunkt der Erstellung dieses Berichts haben die Freiwilligen etwa 800 Millionen Arbeitseinheiten analysiert.

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Abbildung 1. Anzahl der abgeschlossenen Arbeitseinheiten pro Krebsart und Signaturgröße.

Eine Work Unit testet Signaturen einer bestimmten Größe (Anzahl der Biomarker) anhand ihres Datensatzes. Zusammengenommen haben die Mitglieder des World Community Grid etwa 15 Billionen Signaturen getestet, eine Zahl, die ohne Ihre Unterstützung nicht denkbar gewesen wäre.

Abbildung 2. Bewertete Signaturen nach Datensatz (und Größe) für alle Tumore (A) und nur für Eierstockkrebs (B).

Die benötigte Rechenzeit pro Signatur in einer bestimmten Arbeitseinheit hängt von der Signaturgröße und dem Datensatz ab. Da wir versuchen, den Gesamtberechnungsaufwand pro Arbeitseinheit konstant zu halten, variiert auch die Anzahl der Signaturen pro Arbeitseinheit je nach Signaturgröße und Datensatz.

Bei den meisten Datensätzen benötigen größere Signaturen mehr Rechenzeit als kürzere Signaturen. Unser Lungen-Datensatz folgt im Allgemeinen diesem Muster, während bei unserem Eierstock-Datensatz das Gegenteil der Fall ist. Für den Eierstockkrebs-Datensatz testete MCM prognostische Signaturen, die kurze oder lange Überlebenszeiten vorhersagten. Diese Aufgabe war von Natur aus schwieriger als die Diagnoseaufgaben bei Lungenkrebs (Krebs/kein Krebs) oder Sarkom (Unterscheidung von Sarkom-Subtypen). Aufgrund dieser Schwierigkeit konnte MCM nicht annähernd so viele Signaturen pro Ovarialarbeitseinheit berechnen wie bei anderen Datensätzen, unabhängig von der Signaturgröße.

Abbildung 3. Ausgewertete Signaturen pro Arbeitseinheit, nach Datensatz (und Größe), für alle Tumore (A) und (B) speziell für Eierstockkrebs.

In einem nächsten Schritt werden wir untersuchen, wie sich die unterschiedliche Zusammensetzung der Sarkom-Signaturen auf ihre Vorhersagekraft auswirkt.

Wir sind allen dankbar, die Mapping Cancer Markers und alle wichtigen Projekte im World Community Grid unterstützen.
Wenn wir heute den 17. Jahrestag der WCG feiern, dann nur wegen Ihres Engagements.

Wir danken Ihnen!

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[thorsam]

Endschuldigung, aber ich habe WCG schon lange nicht mehr gerechnet, aber mir so, als wenn ich mit halben Augen gelesen habe, dass irgendwo ein Häkchen gesetzt werden muß, damit man wieder in den Statistiken auftaucht?
Oder verwechsele ich das mit einem anderen Projekt?
Danke.

 

[koschi]

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[thorsam]

Vermutlich muß ich nur ein bißchen Gelduld haben.

 

[koschi]

Ja das reicht an sich...