Rosetta@home

Desti

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Praktisch das gleiche wie Predictor@home.

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/


Both projects are similar in that both are trying to improve methods for protein structure prediction. Rosetta@home includes protein design and prediction of complexes. Rosetta@home uses a software package called Rosetta, which has been proven to be one of the best methods out there for protein structure prediction in repeated CASP experiments (See our About page). Rosetta is also being used for the Human Proteome Folding Project, which is trying to predict folds for many proteins in the human genome. While they, in collaboration with us, are applying Rosetta to the human genome and other genomes like malaria (P falciparum), we are trying to conduct research to make it better. David Baker's work has been published in today's issue of Science. It is exciting work. Thank you for your interest in helping our and similar projects, like Predictor@home!!!
 

indiana_74

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tralala

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Ich hab mich immer gewundert, warum Planet3D kein Rosettateam hat, aber vielleicht tut sich ja jetzt was. Ich mach hier mal etwas Werbung:;D

1. Rosetta hat ein neues faires credit system, was credit vergibt anhand der tatsächlich geleisteten Arbeit. Das System ist etwas kompliziert, aber es funktioniert. Für Details bitte: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=2194.
2. Rosetta hat kein Quorum, d.h., jede Rechensekunde kommt voll der Wissenschaft zugute und wird nicht zwei- oder dreimal berechnet! Ich weiß, das ist etwas gemein, weil einige Projekte diese Redundanz brauchen, um wirklich sicher zu gehen, dass alle WU korrekt abgearbeitet wurden. Rosetta braucht das aber nicht, da die zurückgemeldeten Resultate leicht projektseitig überprüft werden können.
3. Rosetta mach state-of-the-art science (wer macht das nicht). Aber was ich sagen will ist, die probieren viele neue Sachen aus, aktualisieren den Client oft, werden in ein paar Wochen auch HIV-Forschung machen und sind ganz oben dabei, was die Proteinstrukturvorhersage betrifft.
4. Das Projektteam postet wirklich viel in den Foren. Z.B. gibt es ein Science Journal vom Projektleiter, in dem er wöchentlich oder sogar häufiger über den Fortschritt und die Pläne berichtet, es gibt ein Workunit Log, in dem neue work units vorgestellt werden und was sie damit erforschen wollen etc.

So das reicht, sorry für die Werbung hier, aber das Projekt ist bestimmt nicht schlecht und da ihr da noch nicht viel gecruncht habt könnt ihr auch schnell einige Plätze gut machen. :)

P.S.: Darf leider noch keine echten Links posten. edit: Inzwischen schon. :-)
 
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Sir Ulli

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mal ne Frage, wer ist Founder robeertm

ich dachte das nur pipin, oder Nero ein Team erstellen sollen *noahnung*

mfg
Sir Ulli
 

indiana_74

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ich dachte das nur pipin, oder Nero ein Team erstellen sollen *noahnung*

mfg
Sir Ulli

Hab mal ne PN an pipin geschickt, mal sehen was er sagt.

Hab jetzt die ersten WU´s durch und bin schon auf Platz 12 beim RAC ;D

Hier ist echt mächtig was los *lol*
 

Major J

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Die Team-Url lautet: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=750

Wir könnten hier dringend etwas Unterstützung gebrauchen Leute!

Wir sind jetzt schon auf Platz 361 abgerutscht :(
Du hast ja gerade erst angefangen. Deine 5200 PIII-MHz sollten schon einiges bewirken. Stehen aber irgendwie im Schatten gegen 7200 Xeon-MHz *lol*

Unterstützung werde ich auch für das Team geben. Hänge mich dann Samstag mal etwas mit hinein. Ein Rechner in der 2 GHz-Kategorie wahrscheinlich. Priorität Nummer 1 liegt bei SIMAP, denn dort wollen wir auf Platz 1 landen.

Gruß Jan
 

indiana_74

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Du hast ja gerade erst angefangen. Deine 5200 PIII-MHz sollten schon einiges bewirken. Stehen aber irgendwie im Schatten gegen 7200 Xeon-MHz *lol*

Unterstützung werde ich auch für das Team geben. Hänge mich dann Samstag mal etwas mit hinein. Ein Rechner in der 2 GHz-Kategorie wahrscheinlich. Priorität Nummer 1 liegt bei SIMAP, denn dort wollen wir auf Platz 1 landen.

Gruß Jan

Meine Nr. 1 Priorität liegt auch bei SIMAP, es scheint nur so als würde da bei weitem nicht so viel Power benötigt wie erwartet und solange pushen wir mal die Rosetta ;D
 

pipin

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mal ne Frage, wer ist Founder robeertm

ich dachte das nur pipin, oder Nero ein Team erstellen sollen *noahnung*

mfg
Sir Ulli

bemuehe mich grade das alles zu sortieren.

Bitte mich auch mal darauf hinweisen, wenns irgendwo bei einem Projekt kein P3D Team gibt, dann lege ich das vorsorglich an.
 

indiana_74

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Also die Talfahrt ist erstmal gestopt

Jetzt geht es wieder aufwährts, langsam.

Platz 343 für´s Team!
 

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Mensch soviele Projekte und so wenige CPU's :-/

Kann man den für Rosetta (was für ein Spitzenname :] ) den (optimierten) SIMAP BOINC Client nehmen oder muss ich da extra was für installieren?
 

indiana_74

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Mensch soviele Projekte und so wenige CPU's :-/

Kann man den für Rosetta (was für ein Spitzenname :] ) den (optimierten) SIMAP BOINC Client nehmen oder muss ich da extra was für installieren?

Kann man den ganz normalen nehmen, bringt allerdings nichts da Rosetta schon auf ein festes Creditsystem umgestellt hat.
Ansonsten einfach als zusätzliches Projekt anmelden und dann rennt er 50% SIMAP und 50% Rosetta usw.
 

Steelmaster

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Kann man den ganz normalen nehmen, bringt allerdings nichts da Rosetta schon auf ein festes Creditsystem umgestellt hat.
Ansonsten einfach als zusätzliches Projekt anmelden und dann rennt er 50% SIMAP und 50% Rosetta usw.

ok - thx.

Rechne gerade an meiner ersten Rosetta WU - scheinen größer als die SIMAP WU's zu sein. Na vielleicht varriert das ja auch.

Nochmal ne blöde Frage. Ich dachte die SIMAP claimed credits berechnen sich aus den CPU Sekunden. Wenn ich jetzt zwei Projekte 50/50 rechne, dann braucht eine SIMAP WU natürlich doppelt solange. Hat das dann nicht (negativen) Einfluss auf die claimed credits?
 

indiana_74

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ok - thx.

Rechne gerade an meiner ersten Rosetta WU - scheinen größer als die SIMAP WU's zu sein. Na vielleicht varriert das ja auch.

Nochmal ne blöde Frage. Ich dachte die SIMAP claimed credits berechnen sich aus den CPU Sekunden. Wenn ich jetzt zwei Projekte 50/50 rechne, dann braucht eine SIMAP WU natürlich doppelt solange. Hat das dann nicht (negativen) Einfluss auf die claimed credits?

Ja, die Rosetta WU´s sind größer bzw. dauern länger.

Auf die Credits hat das keinen Einfluß, da die SIMAP WU ja pausiert während Rosetta rechnet und die Zeit dann nicht weiterläuft.
 

Steelmaster

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Ja, die Rosetta WU´s sind größer bzw. dauern länger.

Auf die Credits hat das keinen Einfluß, da die SIMAP WU ja pausiert während Rosetta rechnet und die Zeit dann nicht weiterläuft.

ok - besten Dank für die Info *great*
 
G

Gast09072017f

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bei mir kommt immer no work from project will auch was haben *buhu*

woran liegt das?
 
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Major_Tom

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Ja, die Rosetta WU´s sind größer bzw. dauern länger.

Bei Rosetta könnt ihr grobe Voreinstellungen machen wie lang an einer WU gerechnet werden soll. Auf eurer Accountseite unter "Rosetta@home preferences" lässt sich die "Target CPU run time" einstellen. Wenn die Zeit heruntergesetzt wird, werden weniger Modelle berechnet (gibt entsprechend weniger credits) bei höherer Zeitvorgabe mehr Modelle (ergo mehr credits). Standardeinstellung bei "Target CPU run time" ist "not selected" (gleichbedeutend mit 3 Stunden Rechenzeit).

MfG Mario
 

Sir Ulli

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Bitte mich auch mal darauf hinweisen, wenns irgendwo bei einem Projekt kein P3D Team gibt, dann lege ich das vorsorglich an.

man sollte warten was sich da tut

nicht das alles für die katz ist...

mfg
Sir Ulli
 
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