Wenn SATA III, dann nativ über den Chipsatz.
Die Lösung mit einem externen Controller hat immer den Nachteil, dass sie irgendwie an die Infrastruktur angebunden werden muss. Das sollte eigentlich immer über PCI Express passieren, je nachdem, wie diese Umsetzung aber ausfällt, könnte es dazu führen, dass der Datendurchsatz durch die Anbindung limitiert wird.
Mit einer nativen Umsetzung ist man immer auf der sicheren Seite.
Auf AnandTech.com gab es zu dieser Thematik vor einigen Wochen einen interessanten Artikel, vielleicht schaust du dort nochmal rein.