ITX ist eine Untermenge von ATX. Der einzige Slot, der auf einem ITX-Board vorhanden ist, ist an exakt der Position, an der der oberste Slot eines µATX- oder Full-ATX-Boards ist. In den allermeisten Fällen von größeren Boards wird dort jedoch nicht der PCIe x16-, sondern ein PCIe x1-Slot platziert, wenn überhaupt.
Das wird also passen.