Hallo,
der Notar wohnt der Unterzeichnung bei. Er liest ihn dir vor, erklärt dir evtl. schwierige Passagen (Juristendeutsch usw.) und unterschreibt mit. Er warnt nicht vor Vertragsinhalten, die dich benachteiligen oder dir mal Probleme machen. Du solltest deine Fragen bezüglich des Inhaltes vorher mit deinem Bauträger bzw. der Bank klären. Beim Notar solltest du nicht mehr über unklare Details diskutieren müssen. Da gehts nur um die Formsache Unterschrift.
Allgemein ist es schwierig, dir Tipps und Ratschläge zum Neubau bzw. dessen Vertrag zu machen. Das muss man selbst lesen. Es variiert auch stark vom gewählten Ausbaugrad (schlüsselfertig oder zum Selbstausbau usw.) und wie weit der Bauträger alles macht oder nicht. Bei manchen ist "All inclusive", bei anderen wird vieles dir aufgebürdet, vorallem bei anfänglich günstigen Angeboten, da musst du dann extra für den Kran, das Dixie usw. zahlen. Das gleiche gilt für Arbeiten, die du als Bauherr machen musst (oder darfst), manchmal wird davon ausgegangen, dass du jedes WE auf der Baustelle deine Arbeiten verrichtest, ansonsten wird Aufpreis verlangt. Du solltest auch darauf achten, z. B. eine Bauherrenversicherung abzuschließen und in Erfahrung bringen, welche Baunebenkosten noch nicht enthalten sind und die du dann noch zusätzlich tragen musst. Die Baunebenkosten machen einen großen Posten aus und sollten nicht unterschätzt werden. Außerdem sollte etwas "Polster" da sein, für Unvorhergesehenes. Sowas kommt immer.
Ansonsten würd ich dir empfehlen, den Bauvertrag mit einem Bekannten, der schon gebaut hat zu "diskutieren". Der hat frische Erfahrungswerte und hat noch die Stolperfallen im Hinterkopf.
Gruß