Es wäre hilfreich, wenn wir den genauen Board-Typ wissen könnten.
Wie auch immer, das ursprüngliche Vorhandensein der 2 Jumper deutet eindeutig auf einen AC97 Anschluss hin. Diese 2 Jumper dienen nämlich dazu, das Stereosignal bei _nicht_ angeschlossenem Frontpanel zu den rückwärtigen Anschlüssen durchzuschleifen.
Wenn ein Frontpanel angeschlossen wird, muss man die Jumper entfernen. Das Signal wird ab sofort an das Frontpanel geleitet und dieses ist verantwortlich, das Signal entweder an den vorne angesteckten Kopfhörer zu senden oder eben an den rückwärtigen Anschluss durchzuschleifen. Originale AC97-Panel haben dazu Schalterkontakte an der Kopfhörerbuchse, die normalerweise geschlossen sind, also nach hinten durchschleifen. Schließt man aber vorne was an, werden die Kontakte geöffnet und der hintere Anschluss dadurch stumm geschaltet.
Mit der Einführung von HDA wurde dieses Schaltschema völlig geändert. Nun gibt es eine dezidierte Leitung nach hinten, die in jedem Fall angeschlossen ist. Zusätzlich gibt es eine getrennte Signalleitung zum Frontanschluss und sogenannte "Sense"-Signale. Diese sind mit Kontakten an der Frontbuchse verbunden und signalisieren dem Soundchip (und somit der Treibersoftware), wann vorne etwas angeschlossen wurde. Die Software kann dann frei entscheiden, welche Leitungen mit Signalen versorgt werden, bzw. was stumm geschaltet wird.
Hat also nun Dein Gehäuse ein Frontpanel nach HDA Standard, kann es hardwareseitig an einem alten AC-97 Anschluss gar keine Stummschaltung vornehmen, einfach weil das Schaltschema des Frontpanels das gar nicht vorgesehen hat.
Das Schaltschema der Anschlüsse wurde von Intel aber bewusst so kompatibel gehalten, dass die Grundfunktionen jeweils möglich sind, man kann also meist ein AC-97 Panel auch noch an einem HDA-Boardstecker betreiben und umgekehrt. In ersterem Fall gibt es oft eine Bios-Funktion, mit der der Board-Anschluss auf AC-97 Verhalten umstellbar ist. Die "Sonderfunktionen" Stromversorgung des Mikrofons und automatische Stummschaltung sind aber mit HDA-Panel an altem AC-97 Anschluss meist nicht möglich.
Einzige Lösung: Mit dem Problem leben oder neues Board kaufen oder eben ein altes Gehäuse mit AC97 Panel verwenden.