Fahr doch mal im abgesicherten Modus hoch, Rechtsklick auf "Computer", Verwalten, Computerverwaltung, Ereignisanzeige, Windows-Ereignisse, System-Ereignisse. Guck Dir mal die von Windows gelisteten Fehlermeldungen an. Solltest Du dort zahlreiche Fehlermeldungen finden, führen sie Dich womöglich auf die richtige Fährte (z.B. "atapi"; "disk", etc.)
Ferner solltest Du Dir mal einen Stabilitätstest a la Prime95 2.54 besorgen:
ftp://mersenne.org/gimps/P95V254.ZIP
...und damit checken, ob das System CPU- und RAM-seitig überhaupt fehlerfrei arbeitet.
Wenn Du mit Fremd-Boot Systemen wie z.B. PartPE nicht auf die Festplatten zugreifen kannst, hast Du im BIOS vermutlich den Betriebsmodus AHCI eingestellt.
[strike]Um auf Nr. Sicher zu gehen, boote Vista mal im abgesicherten Modus, starte dort regedit, geh nach:
HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Services\Msahci
und setze den Wert der Option "Start" auf 0.[/strike] (vergiss diese Passage; das wäre die Vorgehensweise in die andere Richtung IDE -> AHCI)
Anschließend fahr runter, geh ins BIOS und setze den Betriebmodus des SATA-Controllers auf IDE (oft auch non-Raid genannt). Anschließend kannst Du mit Vista im IDE-Modus booten auch auch mit Tools wie BartPE auf die Platten zugreifen.
Eine allgemeine Empfehlung zu geben für ein Board ist nicht so einfach. Du schreibst ja nicht mal genau welche Probleme Du hast und auch die übrigen Komponenten, mit denen das System eingesetzt werden soll (CPU, RAM, HDD, Grafik, Netzteil, etc.) bleiben im Dunkeln. Das macht es nicht leicht Dir zu helfen