News SETI.Germany : SiDock@home: bildliche Darstellung aktueller Berechnungen

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An dieser Stelle sei ein Weihnachts- und Neujahrsgruß des SiDock@home-Teams übersetzt. Dazu gab es eine bildliche Darstellung der kürzlich begonnenen Berechnungen zur transmembranen Serinprotease 2 (TMPRSS2).

Frohe Weihnachten!
Liebe Teilnehmer,

wir wünschen euch frohe Weihnachten und ein frohes neues Jahr!

Mit eurer Hilfe haben wir eine Menge Computermodelle berechnet. Wir werden damit fortfahren und glauben, dass die Ergebnisse zu Fortschritten bei der Arzneimittelentwicklung führen werden! Wir haben nun eine brandneue CmDock-Version (engl.) und werden diese ab dem nächsten Bindungsziel verwenden. Anbei ist eine Darstellung der mit diesem Projekt durchgeführten Modellierungen angefügt, visualisiert mit PyMOL (engl.). Ihr könnt ein großes Molekül (das ist das Bindungsziel, das TMPRSS2-Protein) zusammen mit einem um Größenordnungen kleineren Molekül sehen. Die kleinen Moleküle sind Liganden, jedes davon kann mit dem Bindungsziel auf seine eigene Weise und mit einer spezifischen Bindungsenergie interagieren.

Je genauer die Liganden an das Bindungsziel andocken, desto größer ist die Wahrscheinlichkeit, dass sie dadurch die Funktionsweise des großen Moleküls verändern können. So wird beispielsweise das im Bild gezeigte Enzym TMPRSS2 für eine chemische Reaktion gebraucht, die dem Coronavirus Zutritt zu den Körperzellen verschafft, und eine Substanz, welche die normale Funktion dieses Enzyms unterdrücken kann, könnte somit die Ausbreitung des Coronavirus erschweren oder verhindern. Während der auf euren Rechnern durchgeführten Modellierung werden verschiedene Liganden aus einer Bibliothek ausprobiert und die besten werden für die nächsten Stufen der Arzneimittelentwicklung ausgewählt.

Alles Gute,
Natalia, Marko, hoarfrost, Crtomir

example-docking.jpg

24.12.2022, 18:13:03 MEZ

Originaltext:
Zitat
Zitat von Merry Christmas!
Dear participants,

We wish you a merry Christmas and a happy New Year!

With your help, we have performed a lot of computer modeling. We are going to continue, and believe the results will lead to advances in drug development! For now, we have a fresh new release of CmDock and will employ it starting from the next target. Here is an illustration of the modeling performed in the project, visualized with PyMOL. You can see a large molecule (this is the target, TMPRSS2 protein) with a molecule many times smaller. The small molecules are ligands, each of them can interact with the target in its own way, with its own binding energy.

The more precisely the ligand binds to the target, the higher the chance that it will be able to change the functioning of the large molecule. For example, the TMPRSS2 enzyme shown in the image is necessary for a chemical reaction allowing the coronavirus to enter the body cells and, accordingly, a substance that can suppress the normal operation of this enzyme can make it difficult or block the spread of the coronavirus in it. During the modeling performed on your computers, various ligands from the library are tested, and the best ones are selected to process on next stages of drug development.

All the best,
Natalia, Marko, hoarfrost, Crtomir


[B]24 Dec 2022, 17:13:03 UTC[/B]

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