Projektnews SiDock@Home: Merry Christmas!

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Dear participants,

We wish you a merry Christmas and a happy New Year!

With your help, we have performed a lot of computer modeling. We are going to continue, and believe the results will lead to advances in drug development! For now, we have a fresh new release of CmDock and will employ it starting from the next target. Here is an illustration of the modeling performed in the project, visualized with PyMOL. You can see a large molecule (this is the target, TMPRSS2 protein) with a molecule many times smaller. The small molecules are ligands, each of them can interact with the target in its own way, with its own binding energy.

The more precisely the ligand binds to the target, the higher the chance that it will be able to change the functioning of the large molecule. For example, the TMPRSS2 enzyme shown in the image is necessary for a chemical reaction allowing the coronavirus to enter the body cells and, accordingly, a substance that can suppress the normal operation of this enzyme can make it difficult or block the spread of the coronavirus in it. During the modeling performed on your computers, various ligands from the library are tested, and the best ones are selected to process on next stages of drug development.

All the best,
Natalia, Marko, hoarfrost, Črtomir

example-docking.jpg


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Liebe Teilnehmer,

Wir wünschen Ihnen ein frohes Weihnachtsfest und ein gutes neues Jahr!

Mit Ihrer Hilfe haben wir viele Computermodellierungen durchgeführt. Wir werden damit weitermachen und glauben, dass die Ergebnisse zu Fortschritten in der Arzneimittelentwicklung führen werden! Im Moment haben wir eine neue Version von CmDock und werden sie ab dem nächsten Target einsetzen. Hier ist eine Illustration der im Projekt durchgeführten Modellierung, visualisiert mit PyMOL. Sie sehen ein großes Molekül (dies ist das Ziel, das TMPRSS2-Protein) mit einem Molekül, das um ein Vielfaches kleiner ist. Die kleinen Moleküle sind Liganden, von denen jedes auf seine eigene Weise mit dem Zielprotein interagieren kann, und zwar mit seiner eigenen Bindungsenergie.

Je präziser der Ligand an das Zielmolekül bindet, desto größer ist die Chance, dass er die Funktion des großen Moleküls verändern kann. Das in der Abbildung gezeigte Enzym TMPRSS2 beispielsweise ist für eine chemische Reaktion notwendig, die es dem Coronavirus ermöglicht, in die Körperzellen einzudringen, und dementsprechend kann eine Substanz, die die normale Funktion dieses Enzyms unterdrücken kann, die Ausbreitung des Coronavirus in ihm erschweren oder blockieren. Während der Modellierung, die auf Ihren Computern durchgeführt wird, werden verschiedene Liganden aus der Bibliothek getestet, und die besten werden ausgewählt, um sie in den nächsten Phasen der Arzneimittelentwicklung zu verarbeiten.

Ich wünsche euch alles Gute,
Natalia, Marko, Raureif, Črtomir

example-docking.jpg


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