News SETI.Germany : TN-Grid: kleine WU-Serie zu menschenspezifischen Genen bei Leukämie verteilt

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Ein nachhaltiges Ende der Sommerpause zeichnet sich zwar noch nicht ab, Anfang der Woche wurde aber eine kleine WU-Serie ausgegeben. Obwohl es keine große Ankündigung gab, waren die wenigen Tausend WUs innerhalb weniger Stunden vergeben und sind inzwischen auch fast vollständig berechnet. Dennoch sei hier der Zweck dieser WU-Serie nachgereicht:

Menschenspezifische Gene bei akuter lymphatischer Leukämie
Hallo zusammen!
Wir sind eine Gruppe Masterstudierende aus dem Kurs Biological Data Mining an der Universität Trient.

Wir untersuchen menschenspezifische Gene und damit verbundene Krankheiten. Diese Gene gehören zu einer Gruppe von Genen, die ausschließlich in Menschen vorkommen und nicht bei unseren nächsten Verwandten, den Schimpansen, zu finden sind. Es gab Studien, um diese Gene zu identifizieren und ihre Rolle bei unserer Entwicklung sowie ihre Verbindung zu Krankheiten und Tumorbildung zu verstehen. Derzeit ist dieses Gebiet noch nicht vollständig erforscht und bedarf weiterer Untersuchungen.

Für unser Projekt haben wir entschieden, uns auf die Rolle menschenspezifischer Gene im Kontext akuter lymphatischer Leukämie (ALL) zu konzentrieren, einer Art hämatologischer Tumore, welche sehr häufig bei Kindern auftritt (80% der Patienten sind jünger als 18 Jahre). Wir haben We specifically identified 122 human-specific genes up and down-regulated in this disease.

Wir haben unseren Datensatz durch Zusammenfügen verschiedener Kohorten erzeugt. Wir haben fünf verschiedene Kohorten verwendet/kombiniert, welche Proben von ALL-Fällen sowie Kontrollgruppen im Kindes- und Erwachsenenalter umfassen. Insgesamt haben wir 670 Proben, darunter 30 Kontrollproben. In jeder Probe haben wir insgesamt 13 155, die durch ihren Gen-Namen charakterisiert sind.

Unser Endziel ist, das Gennetzwerk zu erweitern und möglicherweise auf ursächliche Zusammenhänge zu schließen, um neue, im Kontext von ALL und menschenspezifischen Genenen interessante Gene zu bestimmen. Wir hoffen, dass die so erhaltenen Informationen nützlich sein könnten, um, soweit möglich, bekannte Arzneimittel und Behandlungen zu bestimmen, welche gezielt gegen diese Gene eingesetzt werden und von klinischer Relevanz sein könnten.
24.11.2023, 16:09:54 MEZ

Originaltext:
Zitat
Zitat von Human-specific genes in acute lymphoid leukemia
Hi to everyone!
We are a group of master's students from the course of Biological Data Mining at the University of Trento.

We are investigating Human-specific genes and linked diseases. These genes represent a subset of genes that can be found only in humans and that are not found in our close relatives, the chimpanzee. There have been studies to identify these genes and understand their role in our development and their connection to diseases and tumor formation. At the moment, it is a field yet to be completely discovered and needs further analysis.

In our project, we decided to focus on the role of human-specific genes in the context of Acute Lymphoid Leukemia (ALL), a type of liquid tumor that is highly common in children (80% of the patients are less than 18 years old). We specifically identified 122 human-specific genes up and down-regulated in this disease.

We generated our dataset by merging different cohorts. We utilized/combined five different cohorts that group samples from pediatric and adult cases of ALL plus adult and pediatric controls. We have a total of 670 samples, of which 30 are controls. For each sample, we have a total of 13155 genes, all characterized by their gene name.

Our final objective is to expand the network and if possible infer casual relationships to be able to define new genes of interest in terms of ALL and human-specific genes. We hope that the obtained info could be useful to define, if possible, known drugs and treatments that could be used to specifically target these genes and that could have clinical relevance.
24 Nov 2023, 15:09:54 UTC

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