Virtualdubmod kann sowas. Allerdings werden die MKVs dort mit im normalfall mit directshow geöffnet, es kommt dann nur 1 Audio-Stream im Programm an, und der ist auch noch unkomprimiert.
Heißt also: erst Audio demuxen, dann mit virtualdubmod den Videostrom öffnen, das unkomprimierte audio deaktivieren und die vorher demuxten Audio-Streams wieder hinzufügen.
Je nachdem, ob und welche Filter du dann bei VirtualDubMod einsetzt (nicht alle sind multicorefähig), werden dann deine 4 cores mehr oder weniger gut genutzt.
Warum willst du eigentlich die mkvs ins schlechtere divx/xvid recodieren?
Cherry