G
Gast09072017f
Guest
was neues aus dem journal mit übersetzung von susanne 
G
Gast09072017f
Guest
auch hier kommt die übersetzung von susanne *herzlichen dank*
G
Gast09072017f
Guest
ein neuer beitrag von david baker
Message 68696 - Posted 24 Nov 2010 5:06:21 UTC
Übersetzung: Susanne@seti.germany
Die Gates Stiftung hat gerade einem Gemeinschaftsprojekt $1.000.000 zugeteilt, um spezifische Enzyme zu entwickeln, die sich innerhalb des HIV DNA in diejenige Zellen einschieben, in die sich der Virus eingefügt hat.
http://www.gatesfoundation.org/press...ed-101027.aspx
Eine der vielen unschönen Tatsachen des HIV ist, dass er sich lange Zeit unbemerkt verbergen kann, ohne dass es das Imunsystem bemerkt. Wenn wir imstande wären Enzyme zu entwickeln, die den Virus zerstückeln können, während er sich innerhalb eines Genomes verbirgt, kann sein Versteck zerstört werden. Keith Jerome’s Labor an der UW (Universität Washington) ist dabei, Methoden zu entwickeln, die die Enzyme innerhalb vermutlich infizierter Zellen befördern und ein Student, der in beiden Gruppen aktiv ist, macht von Rosetta Gebrauch um Endonucleasen zu entwickeln, die sich innerhalb der HIV DNA Folge einschieben. Ich werde euch weiterhin betrefflich dieses aufregenden Projektes auf dem Laufenden halten!
Message 68696 - Posted 24 Nov 2010 5:06:21 UTC
Übersetzung: Susanne@seti.germany
Die Gates Stiftung hat gerade einem Gemeinschaftsprojekt $1.000.000 zugeteilt, um spezifische Enzyme zu entwickeln, die sich innerhalb des HIV DNA in diejenige Zellen einschieben, in die sich der Virus eingefügt hat.
http://www.gatesfoundation.org/press...ed-101027.aspx
Eine der vielen unschönen Tatsachen des HIV ist, dass er sich lange Zeit unbemerkt verbergen kann, ohne dass es das Imunsystem bemerkt. Wenn wir imstande wären Enzyme zu entwickeln, die den Virus zerstückeln können, während er sich innerhalb eines Genomes verbirgt, kann sein Versteck zerstört werden. Keith Jerome’s Labor an der UW (Universität Washington) ist dabei, Methoden zu entwickeln, die die Enzyme innerhalb vermutlich infizierter Zellen befördern und ein Student, der in beiden Gruppen aktiv ist, macht von Rosetta Gebrauch um Endonucleasen zu entwickeln, die sich innerhalb der HIV DNA Folge einschieben. Ich werde euch weiterhin betrefflich dieses aufregenden Projektes auf dem Laufenden halten!
Zuletzt bearbeitet:
G
Gast09072017f
Guest
ein neuer beitrag von david
Unread Message 69436 - Posted 20 Jan 2011 7:08:17 UTC
Übersetzung von susanne
Zuerst einmal danke für eure Geduld während wir uns neulich von einem kritischen Hardwareausfall erholten. In den nächsten paar Monaten werden wir verstärkte und robustere Hardware installieren um so hoffentlich eine Wiederholung zu vermeiden.
Zweitens möchte ich euch kurz über einen aufregenden Erfolg mit Rosetta berichten. Wenn strukturelle Biologen daran arbeiten Proteinstrukturen zu lösen, indem sie Proteinkristalle Röntgenstrahlen aussetzen und das Diffraktionsmuster aufzeichnen, erhalten sie nur die Hälfte der benötigten Informationen. Es ist schwierig die andere Hälfte (die “Phasen”-Information) zu bekommen. In den letzten 6 Monaten haben wir ca 15 Fälle angesammelt, bei denen Proteinkristallografer nicht mehr weiter wussten und die Struktur nicht lösen konnten. Wir benutzen Rosetta und bauten für diese Proteine Modelle genügender Qualität, um die Schlussfolgerung der fehlenden Informationen und die folgende Lösung dieser Strukturen zu ermöglichen. Dies verschafft Zugang zu einer viel leichteren Weise, herausfordernde Proteinstrukturen zu lösen und es gibt viele Wissenschaftler, die sich dafür begeistern, diese neue Methode anzuwenden. Die neue Methode ist in einem Manuskript beschrieben, dass höchstwahrscheinlich bald in der Zeitschrift Nature veröffentlicht wird.
Also wiederholt, danke, dass ihr trotz der neulichen Serverprobleme bei rosetta@home geblieben seid – es gibt solch eine Menge an aufregender Forschung, die nur durch euer Mitwirken möglich ist!
Unread Message 69436 - Posted 20 Jan 2011 7:08:17 UTC
Übersetzung von susanne
Zuerst einmal danke für eure Geduld während wir uns neulich von einem kritischen Hardwareausfall erholten. In den nächsten paar Monaten werden wir verstärkte und robustere Hardware installieren um so hoffentlich eine Wiederholung zu vermeiden.
Zweitens möchte ich euch kurz über einen aufregenden Erfolg mit Rosetta berichten. Wenn strukturelle Biologen daran arbeiten Proteinstrukturen zu lösen, indem sie Proteinkristalle Röntgenstrahlen aussetzen und das Diffraktionsmuster aufzeichnen, erhalten sie nur die Hälfte der benötigten Informationen. Es ist schwierig die andere Hälfte (die “Phasen”-Information) zu bekommen. In den letzten 6 Monaten haben wir ca 15 Fälle angesammelt, bei denen Proteinkristallografer nicht mehr weiter wussten und die Struktur nicht lösen konnten. Wir benutzen Rosetta und bauten für diese Proteine Modelle genügender Qualität, um die Schlussfolgerung der fehlenden Informationen und die folgende Lösung dieser Strukturen zu ermöglichen. Dies verschafft Zugang zu einer viel leichteren Weise, herausfordernde Proteinstrukturen zu lösen und es gibt viele Wissenschaftler, die sich dafür begeistern, diese neue Methode anzuwenden. Die neue Methode ist in einem Manuskript beschrieben, dass höchstwahrscheinlich bald in der Zeitschrift Nature veröffentlicht wird.
Also wiederholt, danke, dass ihr trotz der neulichen Serverprobleme bei rosetta@home geblieben seid – es gibt solch eine Menge an aufregender Forschung, die nur durch euer Mitwirken möglich ist!
Zuletzt bearbeitet:
G
Gast09072017f
Guest
ein neuer beitrag im journal
G
Gast09072017f
Guest
neue beiträge im journal
Message 70273 - Posted 7 May 2011 20:09:00 UTC
Übersetzung: - Susanne
Student Shawn Yu schreibt jetzt Posts im Thread “Design von Protein Protein Interfaces” (Proteininteraktionen) im Wissenschafts-Messageboard über aktuelle Rosetta@home Bemühungen Hemmstoffe für Viren zu designen, die Krankheiten verursachen. Wenn ihr Interesse habt, schaut dort mal vorbei. Er ist auch bereit eure Fragen zu beantworten.
Message 70340 - Posted 14 May 2011 22:34:57 UTC
Übersetzung: - Susanne
Die derzeitige Wochenausgabe der Zeitschrift Science beinhaltet einen Artikel über das Design mithilfe von Rosetta@Home von neuartigen Proteinen, die eng an den Spanischen Grippevirus (H1N1) binden. Die wissenschaftliche Arbeit zeigt auf, dass die im Experiment vorausgesagte atomische Struktur des Komplexes zwischen einem der entworfenen Proteine und dem Virus dem Computermodell eindeutig gleicht. In biochemischen Tests blockieren die entworfenen Proteine die Funktion des auf der Grippenoberfläche vorhandenen Proteins und wir sind zurückhaltend optimistisch, dass die Entwürfe Grippeinfektionen blockieren werden. Dies ist ein wichtiger Meilenstein des rechenbetonten Proteindesigns (und des verteilten Rechnens) – der erste atomisch genaue Entwurf eines verwandten Protein Protein Interface und die entworfenen Proteine sind aufregende Leitfäden für neue Grippetherapien. In den nächsten paar Monaten werden wir Rosetta@Home benutzen um eng bindene Proteine zu designen, die hoffentlich andere Pathogene, die Krankheiten verursachen, blockieren. Danke an alle Rosetta@home Benutzer für die unschätzbare Mithilfe bei dieser Forschung!!
(wenn ihr noch mehr wissen wollt, schaut auf die Science Webseite, wo diese Arbeit in einem Podcast diskutiert wird.
Message 70368 - Posted 18 May 2011 5:39:15 UTC
Übersetzung: - Susanne
In einer vor kurzem erschienenen Ausgabe von Nature wird unsere Methode, wie wir mit anderen zusammenarbeiten um Malaria zu bekämpfen, beschrieben. Die wissenschaftliche Arbeit ist wie folgt betitelt “Ein synthetisches auf Endonuklease basierendes Genzielsteuersystem im menschlichen Malariamoskito” und die PDF Datei ist über meine Laborwebseite erhältlich. Die Absicht ist, Enzyme zu benutzen, die inmitten von kritischen Moskitogenen einschneiden und somit die Anzahl an mit Malaria infizierten Moskitos beträglich verringern. Es gibt noch viele Probleme, die überwältigt werden müssen um diese Strategie gegen Malaria in der reellen Welt einzusetzen, aber diese wissenschaftliche Arbeit ist ein wichtiger erster Beweiss des Strategiekonzeptes.
Message 70273 - Posted 7 May 2011 20:09:00 UTC
Übersetzung: - Susanne
Student Shawn Yu schreibt jetzt Posts im Thread “Design von Protein Protein Interfaces” (Proteininteraktionen) im Wissenschafts-Messageboard über aktuelle Rosetta@home Bemühungen Hemmstoffe für Viren zu designen, die Krankheiten verursachen. Wenn ihr Interesse habt, schaut dort mal vorbei. Er ist auch bereit eure Fragen zu beantworten.
Message 70340 - Posted 14 May 2011 22:34:57 UTC
Übersetzung: - Susanne
Die derzeitige Wochenausgabe der Zeitschrift Science beinhaltet einen Artikel über das Design mithilfe von Rosetta@Home von neuartigen Proteinen, die eng an den Spanischen Grippevirus (H1N1) binden. Die wissenschaftliche Arbeit zeigt auf, dass die im Experiment vorausgesagte atomische Struktur des Komplexes zwischen einem der entworfenen Proteine und dem Virus dem Computermodell eindeutig gleicht. In biochemischen Tests blockieren die entworfenen Proteine die Funktion des auf der Grippenoberfläche vorhandenen Proteins und wir sind zurückhaltend optimistisch, dass die Entwürfe Grippeinfektionen blockieren werden. Dies ist ein wichtiger Meilenstein des rechenbetonten Proteindesigns (und des verteilten Rechnens) – der erste atomisch genaue Entwurf eines verwandten Protein Protein Interface und die entworfenen Proteine sind aufregende Leitfäden für neue Grippetherapien. In den nächsten paar Monaten werden wir Rosetta@Home benutzen um eng bindene Proteine zu designen, die hoffentlich andere Pathogene, die Krankheiten verursachen, blockieren. Danke an alle Rosetta@home Benutzer für die unschätzbare Mithilfe bei dieser Forschung!!
(wenn ihr noch mehr wissen wollt, schaut auf die Science Webseite, wo diese Arbeit in einem Podcast diskutiert wird.
Message 70368 - Posted 18 May 2011 5:39:15 UTC
Übersetzung: - Susanne
In einer vor kurzem erschienenen Ausgabe von Nature wird unsere Methode, wie wir mit anderen zusammenarbeiten um Malaria zu bekämpfen, beschrieben. Die wissenschaftliche Arbeit ist wie folgt betitelt “Ein synthetisches auf Endonuklease basierendes Genzielsteuersystem im menschlichen Malariamoskito” und die PDF Datei ist über meine Laborwebseite erhältlich. Die Absicht ist, Enzyme zu benutzen, die inmitten von kritischen Moskitogenen einschneiden und somit die Anzahl an mit Malaria infizierten Moskitos beträglich verringern. Es gibt noch viele Probleme, die überwältigt werden müssen um diese Strategie gegen Malaria in der reellen Welt einzusetzen, aber diese wissenschaftliche Arbeit ist ein wichtiger erster Beweiss des Strategiekonzeptes.
G
Gast09072017f
Guest
G
Gast09072017f
Guest
wieder ein neuer beitrag von david
Übersetzung: - Susanne
In einer vor kurzem erschienenen Ausgabe von Nature wurde ein aufregendes Ergebnis von der Rosetta@home Zusammenarbeit mit dem NMR Spectroscopy (Kernspinresonanztomografie) Labor von Lewis Kay in Toronto beschrieben. Wie fast alle Maschinen, müssen sich auch Proteine bewegen um ihre Funktionen ausführen zu können (ihre Gestalt etwas abändern), aber es hat sich schwer herausfinden lassen, wie sich diese konformativen Änderungen darstellen. Lewis Kay’s Gruppe hat neue Methoden entwickelt, experimentelle Informationen der höheren, aber sehr kurzlebenden, Energiestadien zu bekommen, die die Proteine aufsuchen, während sie ihre Funktionen ausführen. Die Daten sind nicht ausreichend um die Struktur der Konformationen dieser “angeregten Stadien” mit konventionellen Methoden vorherzusagen. Trotzdem, wie der Bericht zeigt, können wir diese experimentellen Daten benutzen, um Rosetta und Rosetta@home Strukturkalkulationen zu leiten und Modelle dieser Stadien zu erzeugen. Wie berichtet, sind wir einen Schritt weiter gegangen indem wir Rosetta’s Design Berechnungen anwandten um das angeregte Stadium zu stabilisieren und die darauffolgenden Experimente bestätigten die Richtigkeit des Modells. Diese Kombination von experimentellen NMR Werten, Rosetta Strukturberechnungen und Rosetta Design sollten uns deutlich bei der Erkenntnis helfen, wie Proteine ihre Funktionen ausführen.
Übersetzung: - Susanne
In einer vor kurzem erschienenen Ausgabe von Nature wurde ein aufregendes Ergebnis von der Rosetta@home Zusammenarbeit mit dem NMR Spectroscopy (Kernspinresonanztomografie) Labor von Lewis Kay in Toronto beschrieben. Wie fast alle Maschinen, müssen sich auch Proteine bewegen um ihre Funktionen ausführen zu können (ihre Gestalt etwas abändern), aber es hat sich schwer herausfinden lassen, wie sich diese konformativen Änderungen darstellen. Lewis Kay’s Gruppe hat neue Methoden entwickelt, experimentelle Informationen der höheren, aber sehr kurzlebenden, Energiestadien zu bekommen, die die Proteine aufsuchen, während sie ihre Funktionen ausführen. Die Daten sind nicht ausreichend um die Struktur der Konformationen dieser “angeregten Stadien” mit konventionellen Methoden vorherzusagen. Trotzdem, wie der Bericht zeigt, können wir diese experimentellen Daten benutzen, um Rosetta und Rosetta@home Strukturkalkulationen zu leiten und Modelle dieser Stadien zu erzeugen. Wie berichtet, sind wir einen Schritt weiter gegangen indem wir Rosetta’s Design Berechnungen anwandten um das angeregte Stadium zu stabilisieren und die darauffolgenden Experimente bestätigten die Richtigkeit des Modells. Diese Kombination von experimentellen NMR Werten, Rosetta Strukturberechnungen und Rosetta Design sollten uns deutlich bei der Erkenntnis helfen, wie Proteine ihre Funktionen ausführen.
Zuletzt bearbeitet:
G
Gast09072017f
Guest
und hier ein neuer beitrag von david
Message 71460 Posted 22 Oct 2011 17:55:10 UTC
Übersetzung: - Susanne
Die heutige Ausgabe von Science beschreibt eine neue, aufregende Vorgehensweise, mit Einsatz von Rosetta, im Design von HIV Impfstoffen. Im Kontrast mit anderen Viren, wie z. B. Kinderlähmung und Grippe, haben deaktivierte HIV oder HIV Proteine bisher als Impfstoffe nicht gewirkt und wie euch bereits bekannt ist, gibt es momentan keinen effektiven HIV Impfstoff. Unsere Methode des Impfstoffdesigns besteht darin, die Teilchen des HIV Oberflächenproteins zu nehmen, zu dem die Menschen Abwehrstoffe entwickeln, und Rosetta anzuwenden, um diese dann auf kleine stabile Gerüste zu verpflanzen, die in grö?eren Mengen hergestellt werden können und möglicherweise als Impfstoff nützlich sein könnten. Wir haben bereits gezeigt, dass dies ganz einfach mit Rosetta gemacht werden kann, solange die Teilchen des HIV Proteins entlang der Sequenz zusammenhängen. Es ist aber viel schwieriger, wenn der Abwehrkörper mehrere Teilchen in der Nähe in 3 Dimensionen, aber in der Reigenfolge zu entfernt erkennt. In diesem wissenschaftlichen Bericht zeigen wir wie solche unterbrochenen Epitipen (Epitope = Portion eines Moleküls, an das sich der Antikörper haftet) von einem HIV gp120 in ein einfaches Gerüstprotein übertragen werden können. Es wird mehr Arbeit nötig sein um bestimmen zu können, ob dies oder andere Impfkandidaten, die mit dieser Methode entwickelt wurden, als HIV Impfstoffe effektiv sein werden. Lasst uns hoffen, dass es so ist!!
Message 71460 Posted 22 Oct 2011 17:55:10 UTC
____________
Übersetzung: - Susanne
Die heutige Ausgabe von Science beschreibt eine neue, aufregende Vorgehensweise, mit Einsatz von Rosetta, im Design von HIV Impfstoffen. Im Kontrast mit anderen Viren, wie z. B. Kinderlähmung und Grippe, haben deaktivierte HIV oder HIV Proteine bisher als Impfstoffe nicht gewirkt und wie euch bereits bekannt ist, gibt es momentan keinen effektiven HIV Impfstoff. Unsere Methode des Impfstoffdesigns besteht darin, die Teilchen des HIV Oberflächenproteins zu nehmen, zu dem die Menschen Abwehrstoffe entwickeln, und Rosetta anzuwenden, um diese dann auf kleine stabile Gerüste zu verpflanzen, die in grö?eren Mengen hergestellt werden können und möglicherweise als Impfstoff nützlich sein könnten. Wir haben bereits gezeigt, dass dies ganz einfach mit Rosetta gemacht werden kann, solange die Teilchen des HIV Proteins entlang der Sequenz zusammenhängen. Es ist aber viel schwieriger, wenn der Abwehrkörper mehrere Teilchen in der Nähe in 3 Dimensionen, aber in der Reigenfolge zu entfernt erkennt. In diesem wissenschaftlichen Bericht zeigen wir wie solche unterbrochenen Epitipen (Epitope = Portion eines Moleküls, an das sich der Antikörper haftet) von einem HIV gp120 in ein einfaches Gerüstprotein übertragen werden können. Es wird mehr Arbeit nötig sein um bestimmen zu können, ob dies oder andere Impfkandidaten, die mit dieser Methode entwickelt wurden, als HIV Impfstoffe effektiv sein werden. Lasst uns hoffen, dass es so ist!!
G
Gast09072017f
Guest
Message 72150 - Posted 16 Jan 2012 7:16:46 UTC
In response to requests from many of you, we will be posting descriptions of the many scientific problems currently being tackled with Rosetta@Home on the Science message boards in the next couple of weeks--stay tuned! I also want to describe a new research direction we are now embarking on aimed at future cancer therapies. There are a small set of proteins which are frequently found at much higher levels than normal on the surface of cancer cells. We are starting to design small proteins which bind tightly to these tumor cell markers. If we are successful, we have collaborators who will be testing these proteins for their ability to target cancer cell killing agents to the tumors.
Übersetzung: -susanne@seti.germany
In Antwort auf viele Eurer Anfragen werden wir bald eine Anzahl der wissenschaftlichen Probleme, mit denen sich Rosetta@Home momentan auseinandersetzt, hier in den Wissenschafts-Message-Boards in den nächsten paar Wochen behandeln – bleibt dran! Ich möchte eine neue Forschungsrichtigung, die wir eingeschlagen haben, die auf zukünftige Krebstherapien gezielt ist, darlegen. Es gibt da eine kleine Anzahl Proteine, die oft in viel höheren Ebenen der Krebszellenoberflächen als die Norm vorkommen. Wir sind dabei, kleine Proteine zu entwerfen, die eng an diese Tumorzellenmarkierungen binden. Sollten wir dabei Erfolg haben, stehen uns Mitwirkende zur Verfügung, die diese Proteine auf ihre Fähigkeit, Tumore mit Krebszellenvernichtungsagenten anzupeilen, testen werden.
In response to requests from many of you, we will be posting descriptions of the many scientific problems currently being tackled with Rosetta@Home on the Science message boards in the next couple of weeks--stay tuned! I also want to describe a new research direction we are now embarking on aimed at future cancer therapies. There are a small set of proteins which are frequently found at much higher levels than normal on the surface of cancer cells. We are starting to design small proteins which bind tightly to these tumor cell markers. If we are successful, we have collaborators who will be testing these proteins for their ability to target cancer cell killing agents to the tumors.
Übersetzung: -susanne@seti.germany
In Antwort auf viele Eurer Anfragen werden wir bald eine Anzahl der wissenschaftlichen Probleme, mit denen sich Rosetta@Home momentan auseinandersetzt, hier in den Wissenschafts-Message-Boards in den nächsten paar Wochen behandeln – bleibt dran! Ich möchte eine neue Forschungsrichtigung, die wir eingeschlagen haben, die auf zukünftige Krebstherapien gezielt ist, darlegen. Es gibt da eine kleine Anzahl Proteine, die oft in viel höheren Ebenen der Krebszellenoberflächen als die Norm vorkommen. Wir sind dabei, kleine Proteine zu entwerfen, die eng an diese Tumorzellenmarkierungen binden. Sollten wir dabei Erfolg haben, stehen uns Mitwirkende zur Verfügung, die diese Proteine auf ihre Fähigkeit, Tumore mit Krebszellenvernichtungsagenten anzupeilen, testen werden.
G
Gast09072017f
Guest
ein neuer beitrag noch ganz frisch von david
Übersetzung: susanne
Letzes Jahr beschrieben wir in der Zeitschrift Science das Design eines neuen Enzyms, welches eine chemische Reaktion (Diels Alder Reaktion) katalysiert, die die Formation von 2 Kohlenstoff-Kohlenstoff-Bindungen einbezieht. Diese Reaktion ist interessant, da keine in der Natur vorkommenden Enzyme dafür bekannt sind, die Reaktion zu katalysieren. Allerdings war es kein sehr gutes Enzym und wir baten FoldIt Spieler zu versuchen, es zu verbessern. Wie in Nature Biotechnologie diesen Monat beschrieben, gelang es FoldIt Spielern durch Einsetzen einer völlig neuen Schleife das konstruierte Enzym zwanzigmal schneller zu machen, was dem Enzym hilft, die chemischen Stoffen, die es verknüpft, zu binden. Die Kombination von Rosetta@Home und FoldIt zeigt sich tatsächlich als leistungsfähig, die herausfordernden Probleme in der Biomedizin zu lösen!
Übersetzung: susanne
Letzes Jahr beschrieben wir in der Zeitschrift Science das Design eines neuen Enzyms, welches eine chemische Reaktion (Diels Alder Reaktion) katalysiert, die die Formation von 2 Kohlenstoff-Kohlenstoff-Bindungen einbezieht. Diese Reaktion ist interessant, da keine in der Natur vorkommenden Enzyme dafür bekannt sind, die Reaktion zu katalysieren. Allerdings war es kein sehr gutes Enzym und wir baten FoldIt Spieler zu versuchen, es zu verbessern. Wie in Nature Biotechnologie diesen Monat beschrieben, gelang es FoldIt Spielern durch Einsetzen einer völlig neuen Schleife das konstruierte Enzym zwanzigmal schneller zu machen, was dem Enzym hilft, die chemischen Stoffen, die es verknüpft, zu binden. Die Kombination von Rosetta@Home und FoldIt zeigt sich tatsächlich als leistungsfähig, die herausfordernden Probleme in der Biomedizin zu lösen!
G
Gast09072017f
Guest
Übersetzung: - susanne@seti.germany
Ich bekam gerade sehr gute Nachrichten, dass Rosetta@home das erste Projekt des Boinc Pentathlons sein wird und moechte allen teilnehmenden Teams danken. Ich habe auch aus dem Diskussionsthread weitere augezeichnete Neuigkeiten erfahren, und zwar, dass das Projekt des Monats bei BOINC synergy Rosetta@home sein soll!!
Eure erhöhte Beteiligung hätte nicht zu einer günstigeren Zeit kommen können! Wir haben unsere verbesserte Methodik der Strukturvorhersage in einer vor kurzem gestarteten Aufgabe mit Bezeichnung CAMEO getestet. Bei den meisten Zielobjekten gelingt die Anwendung von Rosetta@home Modellen, aber bei einer Minderheit von ihnen sind die Prognosen überhaupt nicht gut. Wir haben nun den Grund dieser Misserfolge aufgespürt und es handelt sich um sogenannte “Workunit-Hungersnot”. In der begrenzten Zeit, die der Rosetta Server hat, Modelle zu produzieren (2 – 3 Tage), wurden nur wenige Modelle erzeugt. Dies geschah, weil viele Zielobjekte auf dem Server liefen, sodass nur ein Bruchteil eurer CPU-Power auf ein Zielobjekt fokussiert wurde. Während wir z. Z. daran arbeiten, dieses intern zu beheben, sollte erst einmal die beste Lösung sein, mehr CPU Gesamt-Durchflussleistung zur Verfügung zu haben, sodass jedes Zielobjekt mehr Modelle bekommt.
Ihr könnt hier nach unseren Fortschritten nachschauen http://www.cameo3d.org/. Ihr werdet sehen, dass Robetta einer der wenigen Servern ist, dessen Name nicht geheim gehalten wird, aus dem Grunde, da Rosetta ein öffentliches Projekt ist. Unser Server erhält Zielobjekte von CAMEO und bald auch von CASP, schickt die erforderlichen Berechnungen an Eure Computer mithilfe von Rosetta@home, bearbeitet die zurückgesandten Ergebnisse und reicht die niedrigsten Energiemodelle ein.
Wir sind begeistert, dass das “Workunit-Hungernot”-Problem vielleicht durch Eure erhöhten Anstrengungen bei Rosetta@home eliminiert werden kann. Vielen Dank!!
G
Gast09072017f
Guest
neuer beitrag mit übersetzung von susanne
Message 73274 - Posted 10 Jun 2012 16:17:33 UTC
Many common materials such as silk and wool are made out of regular repeating arrays of proteins, and symmetric protein arrays make up the coats of viruses and many other assemblies inside cells. The ability to robustly design self assembling materials made out of proteins would have huge numbers of applications-the naturally occurring assemblies are useful, but imagine if we could make custom materials for 21st century problems. In this weeks Science magazine, we describe the use of Rosetta to design self assembling protein nano structures with very high accuracy. We are now attempting to create many different types of symmetric materials, and you will be seeing more symmetric calculations on your rosetta@home screen server. Thank you for making possible this completely new approach to nanotechnology!
____________
Übersetzung: -
Viele alltägliche Materialien, wie Seide und Wolle, bestehen aus sich regelmä?ig wiederholenden Proteinanordungen und die Hülle von Viren und viele andere Bestandteile innerhalb der Zellen bestehen aus symmetrisch angeordneten Proteinen. Die Fähigkeit, Selbstbaumaterialien robust zu entwickeln, würde riesig viele Anwendungsmöglichkeiten ergeben. Die natürlich vorkommenden Anordnungen sind verwendbar, aber stellt Euch vor wie es wäre, wenn wir ma?geschneiderte Materialien für Probleme des 21. Jahrhunderts erzeugen könnten. In der aktuellen Wochenausgabe des Science Magazins erläutern wir, wie wir mithilfe von Rosetta Selbstbau-Proteinnanostrukturen mit grö?ter Genauigkeit entwickelt haben. Wir sind dabei, vele Arten von symmetrischen Materialien zu kreieren und ihr werdet mehr symmetrische Kalkulationen auf eurem rosetta@home Bildschirmschoner sehen. Ihr ermöglicht diese komplett neue Methode der Nanotechnologie, vielen Dank!
Message 73274 - Posted 10 Jun 2012 16:17:33 UTC
Many common materials such as silk and wool are made out of regular repeating arrays of proteins, and symmetric protein arrays make up the coats of viruses and many other assemblies inside cells. The ability to robustly design self assembling materials made out of proteins would have huge numbers of applications-the naturally occurring assemblies are useful, but imagine if we could make custom materials for 21st century problems. In this weeks Science magazine, we describe the use of Rosetta to design self assembling protein nano structures with very high accuracy. We are now attempting to create many different types of symmetric materials, and you will be seeing more symmetric calculations on your rosetta@home screen server. Thank you for making possible this completely new approach to nanotechnology!
____________
Übersetzung: -
Viele alltägliche Materialien, wie Seide und Wolle, bestehen aus sich regelmä?ig wiederholenden Proteinanordungen und die Hülle von Viren und viele andere Bestandteile innerhalb der Zellen bestehen aus symmetrisch angeordneten Proteinen. Die Fähigkeit, Selbstbaumaterialien robust zu entwickeln, würde riesig viele Anwendungsmöglichkeiten ergeben. Die natürlich vorkommenden Anordnungen sind verwendbar, aber stellt Euch vor wie es wäre, wenn wir ma?geschneiderte Materialien für Probleme des 21. Jahrhunderts erzeugen könnten. In der aktuellen Wochenausgabe des Science Magazins erläutern wir, wie wir mithilfe von Rosetta Selbstbau-Proteinnanostrukturen mit grö?ter Genauigkeit entwickelt haben. Wir sind dabei, vele Arten von symmetrischen Materialien zu kreieren und ihr werdet mehr symmetrische Kalkulationen auf eurem rosetta@home Bildschirmschoner sehen. Ihr ermöglicht diese komplett neue Methode der Nanotechnologie, vielen Dank!
G
Gast09072017f
Guest
auch hier gab es ein neuen beitrag
Übersetzung: -Susanne
Ein vor kurzem erschienener Beitrag in Nature Biotechnologie beschreibt, wie wir errechnetes Proteindesign mit den gro?volumigen DNA Sequenzmethoden, die für den Ablauf des menschlichen Genoms entwickelt wurden, verbunden haben, um wirkungsstarke Grippenvirushemmer zu generieren. Die somit erzeugten Proteine blockieren in Zellkulturexperimenten Infektionen durch den Grippevirus und unterlaufen derzeit den (ziemlich langwierigen) Prozess als potentiale Grippedrogen entwickelt zu werden
ein neuer beitrag
Derzeit testen wir die aktuelle Gruppe von neu designten Proteinen, bei deren Entwurf ihr uns geholfen habt, in unserem nagelneuen Molekur-Ingenieurlabor an der UW (Universität Washington). Ihr könnt in einem vor kurzem erschienenen Zeitungsartikel den abgebildeten Bereich sehen, in dem die von rosetta@home errechneten Designs experimentell getestet werden.
http://seattletimes.com/html/localne...larlab05m.html
ein neuer beitrag
Übersetzung: -Susanne
Die native Strukturen für CASP10 Zielobjekte werden nach und nach veröffentlicht; es werden alle davon bis Ende November vorliegen. Bis dahin könnt ihr die Ergebnisse eines Tests von Voraussagemethoden mit Namen CAMEO einsehen, der viel umfassender war. CAMEO nimmt neu veröffentliche gelöste Proteinstrukturen ehe sie veröffentlicht werden und verschickt die Aminosäuresequenzen an Strukturvorausage-Server und das wöchentlich. Das gute daran ist, dass neue Methoden während ihrer Entwicklung gleich geprüft werden. Ihr könnt euch die Ergebnisse, sowie weitere Informationen über CAMEO, hier anschauen
http://beta.cameo3d.org/modeling/weekly_summary.html
Am besten vergleicht man die “durchschnittliche Genauigkeit (alle Ziele)”, da einige Server nur die einfachen Zielobjekte modellieren. Das Gute an CAMEO ist, das es viel mehr Testfälle gibt als bei CASP und auch, dass Ergebnisse jede Woche veröffentlicht werden, sodass wir sehen können, was funktioniert und was verbessert werden muss. Ihr werdet sehen, dass ROBETTA, welches momentan einige eurer Computerressourcen benutzt, in letzter Zeit ziemlich gut gearbeitet hat. Davor gab es Probleme, da einige Zielobjekte nicht genug Arbeitseinheiten vor Server-Deadline bekamen.
ein neuer beitrag David Baker Message 74065 - Posted 21 Oct 2012 5:47:09 UTC
Ich habe aufregende Neuigkeiten. Wir, in Zusammenarbeit mit der Universität von Washington, gründen ein neues Institut für Protein-Design um neue Proteine zu entwerfen, die die derzeitigen Anforderungen im Medizin- und Energiebereich und anderen Gebieten ansprechen. Ich könnt euch hier weiter über das Institut informieren: http://depts.washington.edu/ipd/
Rosetta@home wird wie bisher einen kritischer Teil unserer Bemühungen darstellen. Wir benutzen Rosetta@home um jede neue potentielle Proteintherapie zu testen, ob sie sich wirklich in die optimale Struktur faltet. Und wir brauchen Hilfe! Wir haben einen substantiellen Arbeitsrückstand von rasanten, frisch entworfenen Proteinen, die auf den Rosetta@home Test warten. Wir designen Proteine für eine Vielzahl von Problemen wie Antigrippe– und Antikrebsproteine und neue Materialien – und dies braucht 3000 – 5000 WUs um jedes davon zu testen. Diese Tests mit Rosetta@home halten den ganzen Designprozess etwas auf und benötigen oft mehr als 10 Tage zur Fertigstellung. Darum bittet eure Freunde und Verwandte bei uns mitzuwirken!
Ein gro?zügiger Spender hat es uns finanziell ermöglicht 5 – 10 Rosetta@home Mitwirkende einzuladen, die unser Institut besuchen und sich persönlich erkunden können, was wir hier zu realisieren versuchen. Mehr davon in meinem nächsten Post.
Übersetzung: -Susanne
Ein vor kurzem erschienener Beitrag in Nature Biotechnologie beschreibt, wie wir errechnetes Proteindesign mit den gro?volumigen DNA Sequenzmethoden, die für den Ablauf des menschlichen Genoms entwickelt wurden, verbunden haben, um wirkungsstarke Grippenvirushemmer zu generieren. Die somit erzeugten Proteine blockieren in Zellkulturexperimenten Infektionen durch den Grippevirus und unterlaufen derzeit den (ziemlich langwierigen) Prozess als potentiale Grippedrogen entwickelt zu werden
ein neuer beitrag
Übersetzung: -Susanne
Derzeit testen wir die aktuelle Gruppe von neu designten Proteinen, bei deren Entwurf ihr uns geholfen habt, in unserem nagelneuen Molekur-Ingenieurlabor an der UW (Universität Washington). Ihr könnt in einem vor kurzem erschienenen Zeitungsartikel den abgebildeten Bereich sehen, in dem die von rosetta@home errechneten Designs experimentell getestet werden.
http://seattletimes.com/html/localne...larlab05m.html
ein neuer beitrag
Übersetzung: -Susanne
Die native Strukturen für CASP10 Zielobjekte werden nach und nach veröffentlicht; es werden alle davon bis Ende November vorliegen. Bis dahin könnt ihr die Ergebnisse eines Tests von Voraussagemethoden mit Namen CAMEO einsehen, der viel umfassender war. CAMEO nimmt neu veröffentliche gelöste Proteinstrukturen ehe sie veröffentlicht werden und verschickt die Aminosäuresequenzen an Strukturvorausage-Server und das wöchentlich. Das gute daran ist, dass neue Methoden während ihrer Entwicklung gleich geprüft werden. Ihr könnt euch die Ergebnisse, sowie weitere Informationen über CAMEO, hier anschauen
http://beta.cameo3d.org/modeling/weekly_summary.html
Am besten vergleicht man die “durchschnittliche Genauigkeit (alle Ziele)”, da einige Server nur die einfachen Zielobjekte modellieren. Das Gute an CAMEO ist, das es viel mehr Testfälle gibt als bei CASP und auch, dass Ergebnisse jede Woche veröffentlicht werden, sodass wir sehen können, was funktioniert und was verbessert werden muss. Ihr werdet sehen, dass ROBETTA, welches momentan einige eurer Computerressourcen benutzt, in letzter Zeit ziemlich gut gearbeitet hat. Davor gab es Probleme, da einige Zielobjekte nicht genug Arbeitseinheiten vor Server-Deadline bekamen.
ein neuer beitrag David Baker Message 74065 - Posted 21 Oct 2012 5:47:09 UTC
Übersetzung:-susanne
Ich habe aufregende Neuigkeiten. Wir, in Zusammenarbeit mit der Universität von Washington, gründen ein neues Institut für Protein-Design um neue Proteine zu entwerfen, die die derzeitigen Anforderungen im Medizin- und Energiebereich und anderen Gebieten ansprechen. Ich könnt euch hier weiter über das Institut informieren: http://depts.washington.edu/ipd/
Rosetta@home wird wie bisher einen kritischer Teil unserer Bemühungen darstellen. Wir benutzen Rosetta@home um jede neue potentielle Proteintherapie zu testen, ob sie sich wirklich in die optimale Struktur faltet. Und wir brauchen Hilfe! Wir haben einen substantiellen Arbeitsrückstand von rasanten, frisch entworfenen Proteinen, die auf den Rosetta@home Test warten. Wir designen Proteine für eine Vielzahl von Problemen wie Antigrippe– und Antikrebsproteine und neue Materialien – und dies braucht 3000 – 5000 WUs um jedes davon zu testen. Diese Tests mit Rosetta@home halten den ganzen Designprozess etwas auf und benötigen oft mehr als 10 Tage zur Fertigstellung. Darum bittet eure Freunde und Verwandte bei uns mitzuwirken!
Ein gro?zügiger Spender hat es uns finanziell ermöglicht 5 – 10 Rosetta@home Mitwirkende einzuladen, die unser Institut besuchen und sich persönlich erkunden können, was wir hier zu realisieren versuchen. Mehr davon in meinem nächsten Post.
Zuletzt bearbeitet:
G
Gast09072017f
Guest
zwei neue beiträge
Message 74200 - Posted 8 Nov 2012 4:23:35 UTC
Mit eurer Hilfe haben wir einen aufregenden Durchbruch im Proteindesign gemacht, der heute im Journal Nature in einem Forschungsartikel unter dem Titel “Prinzipien für den Entwurf von Idealen Proteinstrukturen” erschienen ist. Ihr könnt darüber hier nachlesen
http://www.nature.com/news/proteins-...-order-1.11767
In diesem Beitrag beschreiben wir generelle Prinzipien für den Entwurf von neuen Proteinen von Grund auf. Das neue Institut für Proteindesign benutzt diese Prinzipien im Design von neuen Proteinen zur Krankheitsbekämpfung.
Rosetta@home war, wie im Artikel beschrieben, bei dieser Arbeit absolut entscheidend. Darstellung 3 in dem Beitrag zeigt, wie eure gesamte Beteiligung genutzt wurde, entworfene Sequenzen zu testen, um herauszufinden, ob sie sich in die richtige Struktur falten. Die meisten WUs, die wir z. Z. an Rosetta@home rausschicken, sind genau für diese Art von Tests für die von uns entworfenen neuen Proteinen. Dies ist für die Forschung und Entwicklung von neuen therapeutischen und anderen Funktionen absolut notwendig. Danke nochmals für euer Mitwirken!
und
Message 74231 - Posted 10 Nov 2012 2:18:24 UTC
Last modified: 10 Nov 2012 2:42:08 UTC
Wir möchten die Rosetta@home Mitwirkenden anerkennen, die die niedrigsten Energiestrukturen für Nobu und Rie’s entworfene Proteine gefunden haben:
Fold-I : Aalelan (United States)
Fold-II : Jef (United States)
Fold-III : georgebg (Bulgaria)
Fold-IV: medvjet009(Czech Republic)
Fold-V : _2e_ Russia.
Schaut im Nobu Messageboard Thread unter “Prinzipien für den Entwurf von Idealen Proteinstrukturen”nach (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/fo...ad.php?id=6113), wo es mehr Informationen gibt, einschlie?lich einer Darstellung, die die kritische Rolle illustriert, die Rosetta@home in dieser Arbeit gespielt hat. Und checkt auch das Neueste in Slashdot aus
http://science.slashdot.org/story/12...-made-to-order
Diese und andere Berichte des Labors sind hier erhältlich: depts.washington.edu/bakerpg
ein neuer beitrag von david
Übersetzung: -Susanne
Das CASP10 Treffen ist gerade beendet und alle Ergebnisse sind online, sodass ihr sehen könnt, was eure Beiträge ermöglicht haben! Ray hat eine gro?artige Zusammenfassung der Ergebnisse im CASP10 Thread des ‘Science Message Boards’ (Wissenschafts Message Board) gepostet. Insgesamt war Rosetta@home in den meisten Kategorien ganz oder fast an der Spitze. Ich wollte David Kim, der Rosetta@home kreierte und fortführte, eigentlich nicht verlegen machen, aber seine kontakt-gesteuerten Vorraussagen waren der Höhepunkt von CASP10, da sie weitaus besser waren, als die von irgendeiner anderen Gruppe. Ihr könnt es hier sehen: http://predictioncenter.org/casp10/results.cgi?view=targets&model=all&tr_type=others&groups_id=4
Davids Vorraussagen sind die schwaren Linien, die der anderen Gruppen die orangen, bessere Modelle liegen unter dem Rest des Hauptfelds.
Danke an alle von euch, die zu CASP10 beigetragen haben!!
Message 74200 - Posted 8 Nov 2012 4:23:35 UTC
Übersetzung: -Susanne
Mit eurer Hilfe haben wir einen aufregenden Durchbruch im Proteindesign gemacht, der heute im Journal Nature in einem Forschungsartikel unter dem Titel “Prinzipien für den Entwurf von Idealen Proteinstrukturen” erschienen ist. Ihr könnt darüber hier nachlesen
http://www.nature.com/news/proteins-...-order-1.11767
In diesem Beitrag beschreiben wir generelle Prinzipien für den Entwurf von neuen Proteinen von Grund auf. Das neue Institut für Proteindesign benutzt diese Prinzipien im Design von neuen Proteinen zur Krankheitsbekämpfung.
Rosetta@home war, wie im Artikel beschrieben, bei dieser Arbeit absolut entscheidend. Darstellung 3 in dem Beitrag zeigt, wie eure gesamte Beteiligung genutzt wurde, entworfene Sequenzen zu testen, um herauszufinden, ob sie sich in die richtige Struktur falten. Die meisten WUs, die wir z. Z. an Rosetta@home rausschicken, sind genau für diese Art von Tests für die von uns entworfenen neuen Proteinen. Dies ist für die Forschung und Entwicklung von neuen therapeutischen und anderen Funktionen absolut notwendig. Danke nochmals für euer Mitwirken!
und
Message 74231 - Posted 10 Nov 2012 2:18:24 UTC
Last modified: 10 Nov 2012 2:42:08 UTC
Übersetzung: -Susanne
Wir möchten die Rosetta@home Mitwirkenden anerkennen, die die niedrigsten Energiestrukturen für Nobu und Rie’s entworfene Proteine gefunden haben:
Fold-I : Aalelan (United States)
Fold-II : Jef (United States)
Fold-III : georgebg (Bulgaria)
Fold-IV: medvjet009(Czech Republic)
Fold-V : _2e_ Russia.
Schaut im Nobu Messageboard Thread unter “Prinzipien für den Entwurf von Idealen Proteinstrukturen”nach (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/fo...ad.php?id=6113), wo es mehr Informationen gibt, einschlie?lich einer Darstellung, die die kritische Rolle illustriert, die Rosetta@home in dieser Arbeit gespielt hat. Und checkt auch das Neueste in Slashdot aus
http://science.slashdot.org/story/12...-made-to-order
Diese und andere Berichte des Labors sind hier erhältlich: depts.washington.edu/bakerpg
ein neuer beitrag von david
Übersetzung: -Susanne
Das CASP10 Treffen ist gerade beendet und alle Ergebnisse sind online, sodass ihr sehen könnt, was eure Beiträge ermöglicht haben! Ray hat eine gro?artige Zusammenfassung der Ergebnisse im CASP10 Thread des ‘Science Message Boards’ (Wissenschafts Message Board) gepostet. Insgesamt war Rosetta@home in den meisten Kategorien ganz oder fast an der Spitze. Ich wollte David Kim, der Rosetta@home kreierte und fortführte, eigentlich nicht verlegen machen, aber seine kontakt-gesteuerten Vorraussagen waren der Höhepunkt von CASP10, da sie weitaus besser waren, als die von irgendeiner anderen Gruppe. Ihr könnt es hier sehen: http://predictioncenter.org/casp10/results.cgi?view=targets&model=all&tr_type=others&groups_id=4
Davids Vorraussagen sind die schwaren Linien, die der anderen Gruppen die orangen, bessere Modelle liegen unter dem Rest des Hauptfelds.
Danke an alle von euch, die zu CASP10 beigetragen haben!!
Zuletzt bearbeitet:
G
Gast09072017f
Guest
ein neuer beitrag
Übersetzung: -Susanne
Wir haben es vollbracht, eine neue Art von Proteinen zu entwerfen, die als Drogen und auch als Sensoren dienen können. Wie ich schon mal erklärt habe, sind die meisten Drogen kleine Moleküle mit weniger als 50 Atomen. Es gibt viele Arzneimittel, wie z. B. Blutverdünner, die lebensgefährlich sein können, wenn sie in zu gro?en Ma?en verabreicht werden. Wir haben es geschafft, Proteine zu designen, die sich sehr eng an spezifische kleine Moleküle binden. Diese Proteine könnten als Gegenmittel bei Überdosis des kleinen Zielmoleküls eingesetzt werden – wir haben z. B. ein Protein entworfen, was angewandt werden könnte, den Giftgehalt von einer Überdosis der Droge Digoxin zu behandeln, die bei Herzkrankheit benutzt wird. Wir arbeiten mit anderen zusammen um diese Design-Proteine zum Feststellen des Niveaus der kleinen Zielmoleküle im Blut oder in der Umgebung einzusetzen.
Übersetzung: -Susanne
Wir haben es vollbracht, eine neue Art von Proteinen zu entwerfen, die als Drogen und auch als Sensoren dienen können. Wie ich schon mal erklärt habe, sind die meisten Drogen kleine Moleküle mit weniger als 50 Atomen. Es gibt viele Arzneimittel, wie z. B. Blutverdünner, die lebensgefährlich sein können, wenn sie in zu gro?en Ma?en verabreicht werden. Wir haben es geschafft, Proteine zu designen, die sich sehr eng an spezifische kleine Moleküle binden. Diese Proteine könnten als Gegenmittel bei Überdosis des kleinen Zielmoleküls eingesetzt werden – wir haben z. B. ein Protein entworfen, was angewandt werden könnte, den Giftgehalt von einer Überdosis der Droge Digoxin zu behandeln, die bei Herzkrankheit benutzt wird. Wir arbeiten mit anderen zusammen um diese Design-Proteine zum Feststellen des Niveaus der kleinen Zielmoleküle im Blut oder in der Umgebung einzusetzen.
