Rosetta@home
- Ersteller Desti
- Erstellt am
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Gast09072017f
Guest
hier eine übersetzung aus dem RKN für alle die der englischen sprache nicht so mächtig sind und gerne wissen würden was in mein letzten post drin stand. leider findet sich kaum jemand der die texte übersetzt *sowohl hier als im rkn-forum* deswegen von hier vielen dank an hias für die übersetzung
Hi eine Weiberfasnacht Lösung:
- minirosetta wird und wurde stabiler gemacht
- letzte Errungenschaft in dieser Angelegenheit ist
minirosetta_1.54 was sehr stabil läuft
- Sie haben 2,5 Millionen WUs in der Warteschlange
- Sie versuchen herauszufinden in welchen Situationen
welche Methode am besten funktioniert und gleichzeitig
wollen sie deren Parameter optimieren
- Sie arbeiten noch mehr an Algorithmen die unbekannte
mit bekannten Sequenzen abgleichen um herauszufinden
wie man den größtne Nutzen aus der rießen Menge von Protein Strukturen
herausziehen kann die Wissenschaftler bereits gesammelt haben.
Dies hat weitere 1,5 Millionen Workunits zur Folge
- Sie optimieren auch die "Energie Funktion (energy function)" und machen
dabei kuriose Entdeckungen wegen dem komformativen Bereich der direkt
die native Struktur umgibt. Sie crunchen auch enorm an der Größte des
Samplings (Abtasten) um sehr "finegrained" (feinkörnig?) zu werden.
- Manchmal weicht die niedrigste Energie Struktur von Rosetta etwas von der
wahren Struktur ab, und sie führen das auf das "xtal packing" zurück.
- Wenn dem so wäre bekommt rosetta eine mehr charakteristische Antwort
über das Proteinaussehen in der Lösung als im "crystal" vorgestal.
- Desweiteren machen sie mehr "docking" wie auch mehrere Untersuchungen
um das sampling für die "abinitio Struktur". Dabei variieren sie mit den Energiekomponenten
Steelmaster
Admiral Special
Hi,
ich lasse nach längerer Zeit auch mal wieder paar WU's durchlaufen. Gibt es irgendwelche "optimierten" Methoden? Mir ist aufgefallen, dass z.B. der User "Haubi" mit seinem XP 2600+ deutlich mehr Credits bekommt als ich mit meinem XP 3000+. Woran liegt das wohl?
ich lasse nach längerer Zeit auch mal wieder paar WU's durchlaufen. Gibt es irgendwelche "optimierten" Methoden? Mir ist aufgefallen, dass z.B. der User "Haubi" mit seinem XP 2600+ deutlich mehr Credits bekommt als ich mit meinem XP 3000+. Woran liegt das wohl?
G
Gast09072017f
Guest
das kann an die unterschiedliche rechenzeit liegen haubi läst seine wu´s 24 stunden rechnen und gibt sie dann hab und du nur 3 stunden und das bringt schon ein paar credits mehr, (es kann auch sein das er seine cpu übertaktet hat), oder das du dein rechner nicht 24 stunden zu laufen hast, dann schaft er ja auch mehr als du
Steelmaster
Admiral Special
Ist mein Rechner im Büro, und der läuft also nur zu "Werkzeiten". Das dürfte ja bei sonst gleichen WU's pro WU keinen Unterschied machen, oder?
Oder meinst DU, dass er einfach größere WU's anfordert? Hatte ganz vergessen, dass das möglich ist. Wo kann man das nochmal einstellen?
Edit:
Berechnungszeit hab ich gefunden, 4h sind eingestellt.
Zuletzt bearbeitet:
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Gast09072017f
Guest
ne die wu´s sind alle gleich lang aber man muss halt bei den einstellungen einstellen wie lange die berechnet werden soll
wenn du seine credits durch 24 stunden rechnest und deine credits durch 4 stunden dann sollte ungefähr das gleiche raus kommen was in in der stunde an credits macht
hatte das vorhin mal so kurz gemacht kam bei dir auch 8,6 credits die stunde und bei ihm auf 9 aber war halt nur jeweils eine wu wo ich das mal gemacht hatte
.
EDIT :
.
eine kleine news
wenn du seine credits durch 24 stunden rechnest und deine credits durch 4 stunden dann sollte ungefähr das gleiche raus kommen was in in der stunde an credits macht
hatte das vorhin mal so kurz gemacht kam bei dir auch 8,6 credits die stunde und bei ihm auf 9 aber war halt nur jeweils eine wu wo ich das mal gemacht hatte
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EDIT :
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eine kleine news
ich bin doch gerade zu Poem gewechselt. Die Credits bei Rosetta sind die letzte Zeit immer weniger geworden. Bei Poem bekomme ich teilweise 100% mehr Credits. Mit den selben Maschinen.
90% meiner Server crunchen nur zwischen 19.00 und 06.00 Uhr. 10% sind Dauercruncher. Am Wochenende sind es dann 100% Dauercruncher.
Wenn Ihr die Stats anguckt, seht ihr, dass es immer weniger Credits gibt:
http://boincstats.com/stats/boinc_user_graph.php?pr=bo&id=1475365
zu sehen an folgenden Tagen:
31.01.
07.02.
14.02.
zuerst noch knapp über 15.000 und dann immer weiter herunter. Die Credits pro Wochentag sind von 10.000 auch immer weiter runtergegangen. Leider nicht so deutlich, weil ich immer mal wieder neue Cruncher in Betrieb genommen habe. Es gab bei Rosetta auch einen Tag, an dem sind die Credits pro Tag masssiv eingebrochen. Seit dem kam ich nur noch selten auf über 10.000 c/d. Leider ist der Tag schon aus der Statistik raus.
Jetzt bei Poem hatte ich am vergangenen Wochenende fast 30.000 Credits (pro Tag!). Die Credits pro Wochentag sind bei ca 20.000. Mal sehen, wie sich das tendenziell entwickelt.
Soviel dazu, mir hat das schon länger auf der Leber gelegen.
edit: ach ja, und dann der viel schlankere Client bei Poem. Für einen Rosetta Client kann man schon 150 - 250MB RAM einrechnen. Bei einer zwei Wege 4 Kern Maschine macht das 2GB RAM nur für Rosetta. Eindeutig zu viel! Bei Poem sind es nur 22 MB RAM.
90% meiner Server crunchen nur zwischen 19.00 und 06.00 Uhr. 10% sind Dauercruncher. Am Wochenende sind es dann 100% Dauercruncher.
Wenn Ihr die Stats anguckt, seht ihr, dass es immer weniger Credits gibt:
http://boincstats.com/stats/boinc_user_graph.php?pr=bo&id=1475365
zu sehen an folgenden Tagen:
31.01.
07.02.
14.02.
zuerst noch knapp über 15.000 und dann immer weiter herunter. Die Credits pro Wochentag sind von 10.000 auch immer weiter runtergegangen. Leider nicht so deutlich, weil ich immer mal wieder neue Cruncher in Betrieb genommen habe. Es gab bei Rosetta auch einen Tag, an dem sind die Credits pro Tag masssiv eingebrochen. Seit dem kam ich nur noch selten auf über 10.000 c/d. Leider ist der Tag schon aus der Statistik raus.
Jetzt bei Poem hatte ich am vergangenen Wochenende fast 30.000 Credits (pro Tag!). Die Credits pro Wochentag sind bei ca 20.000. Mal sehen, wie sich das tendenziell entwickelt.
Soviel dazu, mir hat das schon länger auf der Leber gelegen.
edit: ach ja, und dann der viel schlankere Client bei Poem. Für einen Rosetta Client kann man schon 150 - 250MB RAM einrechnen. Bei einer zwei Wege 4 Kern Maschine macht das 2GB RAM nur für Rosetta. Eindeutig zu viel! Bei Poem sind es nur 22 MB RAM.
Zuletzt bearbeitet:
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Gast09072017f
Guest
naja ich halte von leuten die projekte nur wegen hohen credit rechnen oder gute projekte meiden weil es zu wenig credits bringt eh nicht viel aber naja jeden das seine ich persönlich unterstütze rosetta wegen des projekts wegen und nicht wegen der credits leider gibs da zu wenig die so denken vllt würde rosetta dann auch mehr leistung bei uns kriegen aber da ist hier und auch bei den anderen deutschen teams nix zu machen
weil ja halt a) für viele zuwenig credits und b) kein deutsches projekt
schade schade!!!!!!!!!!!!!
weil ja halt a) für viele zuwenig credits und b) kein deutsches projekt
schade schade!!!!!!!!!!!!!
ich sehe das genauso wie du. Jedoch sehe ich nicht ein, dass ich immer mehr Rechenleistung gebe und dafür immer weniger credits bekomme.
Und der Unterschied zu Poem ist wohl eindeutig zu krass oder? Ich meine 100% mehr Credits?!
Wären's nur 30% gewesen, würde ich ja nichts sagen.
Aber wie gesagt, die ewige Downtime, die Clients die so oft auf 100% CPU Last hängen geblieben sind (ich habe leider keine Screenshots, aber ich hatte Clients, die bei 380 h CPU Zeit standen) - von der Speichernutzung nicht zu reden. Das sind alles Probleme, die für so ein altes Projekt wie Rosetta eigentlich gelöst sein müssten.
Dafür hat Poem in der kürze der Zeit eigentlich recht passable Ergebnisse vorzuweisen.
Ich rechne auch nicht nur Projekte, in denen man viele Credits bekommt. ich habe gerade mal 2 Projekte laufen. Und die auch nur, weil ich hoffe, das es wirklich etwas bringt, was wir hier machen.
Und der Unterschied zu Poem ist wohl eindeutig zu krass oder? Ich meine 100% mehr Credits?!
Wären's nur 30% gewesen, würde ich ja nichts sagen.
Aber wie gesagt, die ewige Downtime, die Clients die so oft auf 100% CPU Last hängen geblieben sind (ich habe leider keine Screenshots, aber ich hatte Clients, die bei 380 h CPU Zeit standen) - von der Speichernutzung nicht zu reden. Das sind alles Probleme, die für so ein altes Projekt wie Rosetta eigentlich gelöst sein müssten.
Dafür hat Poem in der kürze der Zeit eigentlich recht passable Ergebnisse vorzuweisen.
Ich rechne auch nicht nur Projekte, in denen man viele Credits bekommt. ich habe gerade mal 2 Projekte laufen. Und die auch nur, weil ich hoffe, das es wirklich etwas bringt, was wir hier machen.
Die Vergleichbarkeit der Projekte bei den Credits ist schon längst nicht mehr gegeben. Es gibt Creditschleudern wie Milkyway, ABC oder Seti (mit optimierten Clients) und Projekte, die eher knausrig sind. Es gibt die Problematik, dass GPUs sehr viel mehr Credits einbringen als CPUs - natürlich durchaus gerechtfertigt, da sie in gleicher Zeit mehr schaffen, aber wenn 1 Grafikkarte am Tag 5x mehr Credits scheffelt als 1 Prozessor, kommt sich der auf Credits schielende Nicht-Gamer trotzdem ein wenig verarscht vor.
Aus diesem Grund gebe ich auf die BOINC combined Credits keinen Pfifferling mehr und werde deshalb auch keine News mehr über irgendwelche BOINC combined Milestones schreiben. Projektintern gelten ja dagegen für alle die gleichen Bedingungen (außer dass separate Statistiken für GPUs IMHO sinnvoll wären).
Gerade in der Bioinformatik gibt es viele Probleme, bei denen der Speicherbedarf extrem schnell ansteigt. Würde man sie so lösen, dass nur ein paar MB RAM benötigt werden, würde man ewig rechnen. Für einen relativ geringen Speedup muss man mit einem relativ stark erhöhten Speicherbedarf leben. Rosetta hat hier denke ich ein brauchbares Mittelmaß gefunden. Da gibts andere Projekte, die sehr viel extremer sind. Bei den Garli-WUs von Lattice sind 1 GB RAM pro WU z. B. eher die untere als die obere Grenze. Auch Folding@Home ist je nach Einstellung nicht kleinlich bei der RAM-Nutzung.
Wenn Rosetta bei mir instabil laufen würde, würde ich es allerdings auch vorerst nicht mehr rechnen.
jetzt formuliere ich das mal etwas um:
***** Es gibt die Problematik, dass QuadCores sehr viel mehr Credits einbringen als SingleCores - natürlich durchaus gerechtfertigt, da sie in gleicher Zeit mehr schaffen, aber wenn 1 QuadCore am Tag 4x mehr Credits scheffelt als 1 SingleCore, kommt sich der auf Credits schielende Nicht-PowerUser trotzdem ein wenig verarscht vor ******
Soll ich mir jetzt verarscht vorkommen, weil viele mit ihren dicken V8s doppelt so viel credits machen als ich mit nur einem V4
der Punkt mit der Credit-Un-Gleichheit zwischen unterschiedlichen Projekten z.B. Poem vs. MW/RS/ABC64/Seti bei gleicher Hardware ist durchaus gerechtfertigt.
Warum gabs dann so ein Trara als Einstein@Work mit ein paar Mio am Tag durch die Stats gepflügt ist? Oder als bei *grübel* Lattice(?) ein Supercomputer durch die Stats pflügte und letztlich aus der Wertung genommen wurde?
Ich frage mich jetzt was das mit der Hardware an sich zutun haben soll?
(evtl läßt es sich auch so erklären: Ich (sowie du oder sonst war) kann sich eine (oder mehrere) Grakas kaufen, einen Cluster können sich (meistens) nur fremdfinanzierte Vereine oder Firmen bzw. staatlich finanzierte Einrichtungen leisten, da hinkt dann der Vergleich zum "kleinen" Cruncher (davon lebt Boinc) sehr.
Zuletzt bearbeitet:
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Gast09072017f
Guest
zum teil sehen wir das ja gleich, aber auch wenn poem 1000% mehr credits geben würde würde ich rosetta crunchen, ich würde rosetta erst dann nicht mehr crunchen wenn ich z.b. wie du schwerwiegende probleme mit den wu´s hätte aber bei mir läufts wie geschmiert und ich bin mit mein credits zufrieden
das ist schön das poem "passable ergebnisse" vorzuweisen hat, hab ja nicht gezweifelt das das projekt schlecht ist
.
EDIT :
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so das der Feb ist ja nun fast vorbei und das heißt auch PDM Rosetta neigt sich dem ende, hier möchte ich mich mal dann bei allen bedanken die hier geknuspert haben für die zeit und vllt bleibt ja der ein oder andere hier
wir haben dann heute *ist wohl auch noch nicht so lange her* das intel team überholt
malschauen wie sich die sache weiter entwickelt @tiku ich seh das mit den boinc combined stats wie du
schau auch nur auf die projekt stats von rosettamoin moin!
ich werde mal ne weile mithelfen. mein phenom 940 ist schon fleißig am arbeiten. bislang 1500 credits. morgen kommt dann wohl noch ein phenom 9600 dazu. werden eigentlich nvidia-grafikkarten unterstützt?
also happy crunching!
auf das die intel corporation staub schlucken muss!
ich werde mal ne weile mithelfen. mein phenom 940 ist schon fleißig am arbeiten. bislang 1500 credits. morgen kommt dann wohl noch ein phenom 9600 dazu. werden eigentlich nvidia-grafikkarten unterstützt?
also happy crunching!
auf das die intel corporation staub schlucken muss!
G
Gast09072017f
Guest
willkommen im team
das hört sich ja fein an, nein grafikkarten werden leider nicht unterstützt aber die kann man ja wo anderes einspannen
.
EDIT :
.
rosetta ist zur zeit down wegen einer wartung
das hört sich ja fein an
, nein grafikkarten werden leider nicht unterstützt aber die kann man ja wo anderes einspannen .
EDIT :
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rosetta ist zur zeit down wegen einer wartung
G
Gast09072017f
Guest
die server sind mittlerweile wieder da hier die meldung
@trick, ich weiß zwar nicht wie lange deine pc´s am tag laufen aber für solche fälle ist ganz gut wenn man z.b. eine hohe berechnungszeit wählt *in rosetta ist die zeit wählbar*
bei 24/7 pc´s wäre natürlich eine berechnungszeit von 24 stunden sinnvoll
die einstellung ist unter Rosetta Einstellungen zu finden da dann target cpu run time
ich z.b. hab dort 8 stunden eingestellt da ich nicht 24/7 crunche *aber das projekt ab einer berechnungszeit von 8 stunden profitiert da die wu´s seltender verschickt werden*
und unter computer einstellungen --> network --> Computer is connected to the Internet about every hab ich 2 tage eingestellt
@trick, ich weiß zwar nicht wie lange deine pc´s am tag laufen aber für solche fälle ist ganz gut wenn man z.b. eine hohe berechnungszeit wählt *in rosetta ist die zeit wählbar*
bei 24/7 pc´s wäre natürlich eine berechnungszeit von 24 stunden sinnvoll
die einstellung ist unter Rosetta Einstellungen zu finden da dann target cpu run time
ich z.b. hab dort 8 stunden eingestellt da ich nicht 24/7 crunche *aber das projekt ab einer berechnungszeit von 8 stunden profitiert da die wu´s seltender verschickt werden*
und unter computer einstellungen --> network --> Computer is connected to the Internet about every hab ich 2 tage eingestellt
G
Gast09072017f
Guest
also ich finde die manuskripte hören sich klasse an
weiter so @rosetta vllt kommt ja mal der ein oder andere und knuspert hier mit
unser output ist seit dem märz leicht gefallen um 5-10k *ziemlich traurig wieviel output wir beim pdm hatten echt a... und andere projekte bekommen mal wieder ne race naja ihr schreibt man sich auch nur die hände wund
* trotzdem liegt unser output noch leicht über den des intel teams
weiter so @rosetta vllt kommt ja mal der ein oder andere und knuspert hier mit
unser output ist seit dem märz leicht gefallen um 5-10k *ziemlich traurig wieviel output wir beim pdm hatten echt a... und andere projekte bekommen mal wieder ne race naja ihr schreibt man sich auch nur die hände wund
* trotzdem liegt unser output noch leicht über den des intel teams 
Fränki´s Welle
Grand Admiral Special
Hallo cappy
Du machst hier gute Arbeit und Werbung. Aber:
Du möchtest das mehr Leute hier mitrechnen und bist traurig das bei dem Rosetta PdM so wenig Leute mitgemacht haben.
Aber wie sieht denn deine Bereitschaft zur Hilfe bei einem PdM Projekt aus wenn es nicht gerade Rosetta ist?
Verstehe mich nicht falsch. Du kannst und sollst auch gerne Werbung für Rosetta machen. Aber bitte nicht den Leuten ein schlechtes Gewissen einreden wollen (PdM) wenn du selber auch nichts anderes Rechnen willst.
Du machst hier gute Arbeit und Werbung. Aber:
Du möchtest das mehr Leute hier mitrechnen und bist traurig das bei dem Rosetta PdM so wenig Leute mitgemacht haben.
Aber wie sieht denn deine Bereitschaft zur Hilfe bei einem PdM Projekt aus wenn es nicht gerade Rosetta ist?
Verstehe mich nicht falsch. Du kannst und sollst auch gerne Werbung für Rosetta machen. Aber bitte nicht den Leuten ein schlechtes Gewissen einreden wollen (PdM) wenn du selber auch nichts anderes Rechnen willst.
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G
Gast09072017f
Guest
erst mal danke
jap ich bin "stammrosetta" cruncher und ich meine ja die leute für die das pdm eigentlich mal galt *leute die nicht wissen was sie crunchen* die sollen sich angesprochen fühlen und nicht die stammcruncher anderer projekte.
mir war mal auch so das PdM auch dafür war das man mal kleine projekte puschen könnte aber das ist ja bisher auch nicht passiert soweit ich weiß, wenn dann werden nur projekte gepuscht wo wir eh gut dabei sind und auch da wollten die leute dann mal ne PdM race machen
G
Gast09072017f
Guest
Guten morgen alle
ich fahr heut in urlaub *bis 17.4* und ich weiß nicht ob ich dort internet habe, deswegen wünsch ich allen schonmal ein frohes oster fest und haltet das intel team etwas auf abstand
ein paar punkte werd ich aber auch machen, solange meine eltern den rechner nicht aus machen
vllt knack ich ja in der zeit die 1.000.000 marke ^^
gruß cappy
ich fahr heut in urlaub *bis 17.4* und ich weiß nicht ob ich dort internet habe, deswegen wünsch ich allen schonmal ein frohes oster fest und haltet das intel team etwas auf abstand
ein paar punkte werd ich aber auch machen, solange meine eltern den rechner nicht aus machen
vllt knack ich ja in der zeit die 1.000.000 marke ^^
gruß cappy
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Gast09072017f
Guest
G
Gast09072017f
Guest
so ich gratulier mir dann mal zu 1.000.000 punkte bei rosetta 
auf zur nächsten million
auf zur nächsten million
