Hm, bei Gentoo gibt es ein Programm namens "genkernel"
eigentlich sollte es genau das machen, was du suchst, den Kernel aufgrund der Hardwarekonfiguration konfigurieren.
Wie gut das funktioniert und ob es auch auf anderen Distris als Gentoo funktioniert weiß ich nicht, ich hab meine Kernels immer von Hand gebaut.