The Lattice Project - Wir haben ein Team!

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Begleite das P3D The Lattice Project auf dem Weg nach oben!

Teamstats bei The Lattice Project
Das P3D Team im Überblick
BOINCstats vom Team
P3D The Lattice Project WIKI

Aktuelle Platzierung 1 Startposition 62 !
Mitglieder: 167


[P3D Battlemap]

[08.08.07] Pünktlich zum Augsburger Friedenstag wird zum freundlichen Mitcrunchen geblasen
[09.08.07] 24 Stunden nach dem Friedensausruf haben wir Platz 43, 6.222 Cr. und 20 Mitglieder
[10.08.07] Mittagsraport, wir fliegen über Platz 31, mit 13.100 Cr. und 25 Mitgliedern.
[12.08.07] WortzumSonntag, 4 Tage nach Start belegen wir Platz 27, mit 21.115 Cr. und 28 Mitgliedern.
[14.08.07] 6 Tage nach Start belegen wir Platz 22, mit 25,879 Cr. und 28 Mitgliedern.
[19.08.07] WortzumSonntag, 11 Tage nach Start belegen wir Platz 18 (seit 17.), mit 40,158 Cr. und 32 Mitgliedern.
[21.08.07] 08:00z, das Team hat mehr als >50'000 Cr. errechnet und belegt Platz 16, dabei sind 34 Mitglieder.
[21.08.07] 20:00 MESZ; 13 Tage nach Start belegen wir Platz 13, mit 52,446 Cr. und 34 Mitgliedern.
[22.08.07] 13:33 MESZ; wir ziehen in die Top 10 ein, mit >60,000 Cr. und 34 Mitgliedern.
[23.08.07] Wir belegen seit Heute den Platz 9, mit >75,000 Cr. und 35 Mitgliedern. Nur Zeit sind keine neuen WU vorhanden!
[24.08.07] Seit Heute Morgen haben wir den Platz 7, mit >80,000 Cr. und 35 Mitgliedern erreicht. Am Checkpointing wird gearbeitet!
[27.08.07] >100'000 Cr. mit 35 Mitgliedern erreicht.
[29.08.07] Platz 6 erreicht mit >115'000 Cr. und 35 Mitgliedern.
[30.08.07] Wir belegen Heute den Platz 5, mit >125,000 Cr. und 37 Mitgliedern.
[05.09.07] Nach 666h seit dem Ausruf erreichten wir Platz 4, mit >145,000 Cr. und 39 Mitgliedern.
[17.09.07] Wir erreichten Platz 3, mit >230,000 Cr. und 39 Mitgliedern (davon 11(29) aktiv)).
[27.09.07] Zwischenbericht: Aufgrund des QMC NonRaces zurückgefallen auf Platz 4, mit >240,000 Cr. und 41 Mitgliedern. Seit 3 Tagen sind keine neuen WU vorhanden!
[05.10.07] 6000 Neue WUs da...
[06.11.07] Wir erreichten erneut Platz 3, mit >280,000 Cr. und 44 Mitgliedern (davon 13 aktiv).
[09.12.07] Wir kippen auf Platz 4, mit >354,000 Cr. und 45 Mitgliedern (davon 6 aktiv).
[01.01.08] Neujahrsstand: Platz 4, mit >383,774 Cr. und 48 Mitgliedern (davon 6 aktiv).
[21.01.08] SpinRace bedingt auf Platz 5 gefallen, mit >399,935 Cr. und 50 Mitgliedern (davon 8 aktiv).
[24.01.08] Platz 4 zurück erobert, mit >407,159 Cr. und 55 Mitgliedern (davon 18 aktiv).
[29.01.08] Platz 3 erobert vom Projektbetreiber "Center for Bioinformatics and Computational Biology", mit >490,000Cr. und 58 Mitgliedern (davon 20 aktiv).
[25.02.08] Platz 2 erobert vom Team "College of Chemical & Life Sciences UMD", mit >662,100Cr. und 71 Mitgliedern (davon 38 aktiv).
[01.04.08] Zwischenstand: Der Planet hat >793,894 Cr. und 76 Mitglieder (davon 34 aktiv) im Lattice Team.
[08.05.08] Platz 1 von BOINC Synergy erobert, mit >1,020,500Cr. und 108 Mitgliedern (davon 69 aktiv).
[01.06.08] >1,523,000 Cr. mit 113 Mitgliedern (davon 73 aktiv) erreicht.
[22.08.08] >2,000,000 Cr. mit 114 Mitgliedern.
[03.01.09] >2,260 kCr. mit 114 Mitgliedern.
[06.01.10] >3,969 kCr. mit 167 Mitgliedern. Nur ab und an Arbeit vorhanden.
Aktuelles

Es liegt zwar ab und an WU Knappheit vor, doch zum nebenbei mitcrunchen ist es ideal. Also wundert euch nicht, wenn ihr zu Beginn evtl. sofort keine WUs bekommt. Schaut einfach in den Projektstatus ob welche vorhanden sind. Die aktuellen CARLI 5.07 WU haben weder Checkpointing noch eine Fortschrittsanzeige. :( Die Garli-WU dauert auf einem XP4800+ (2400 Mhz) 33 Minuten bis 1 Stunde... Im Schnitt also 45 Minuten. Die aktuellen GARLI 5.11 WU verfügen jetzt über Checkpointing und über eine Fortschrittsanzeige. Die WU sind länger geworden... 6-7 Stunden auf dem X² 4800+... Die MARXAN 5.04 verfügen leider über keine Fortschrittsanzeige, sie benötigen knapp über eine Stunde.

Projektneuigkeiten (ältere News):
Alt: Neu: MARXAN und HMMPfam:

Systeme:

Homepage: http://boinc.umiacs.umd.edu/
Projektstatus: Status
Deadline: 7 Tage (garli 5.11), 3 Tage (HMMPfam 5.09) und 2 Tage (MARXAN 5.04)
Ram Auslastung: ca 280MB-1 GB (garli 5.11), >360 MB (garli 5.08 ), ca. 15-20MB ((HMMPfam 5.10) und 8 MB (MARXAN 5.04) pro Workunit



1234@Overclockers

Die WUs dieses Projekts sind teilweise anspruchsvoll! Das bedeutet: sollte es zu vielen WU-Abbruch-Fehlern kommen, dann probiert Gegenmaßnahmen einzuleiten, was der Stabilität des RAM und der CPU zugute kommt. Fragt zwecks Overclocking hier nach.




Wissenswertes und Backgroundinfo zu The Lattice Project:

The Lattice Project ist wie das World Community Grid eine komplexe Grid-Infrastruktur, wo viele unterschiedliche Projekte ablaufen können, es wird an der Universität zu Maryland entwickelt. Es ist das erste Projekt, welches die Infrastrukturen privater GRID-Datenverarbeitung (basierend auf der Globus-Plattform) und öffentlicher Datenverarbeitung (basierend auf der BOINC) verbindet, um verschiedene Probleme der Bioinformatik zu studieren. Seit dem Projektstart sind mehr als 20 bereits existierende Bioinformatik-Tools auf das Lattice Project portiert worden. Details zu den einzelnen Projekten könnt ihr im folgenden Absatz nachlesen.

Hauptziel
Das Arbeitsumfeld vieler Wissenschaftler ist meist grundsätzlich unzulänglich, was den Fortschritt in einer Vielzahl von Forschungsfeldern materiell behindert. Es ist das Ziel genügend Rechenleistung und Ressourcen für eine aktive Gemeinschaft von wissenschaftlichen Forschern zur Verfügung zu stellen.

Wann wird das Lattice Project beendet?
Als fortwährendes Forschungsprojekt wird das Lattice Project in vielerlei Hinsicht nie beendet werden. Dennoch kann die gegenwärtige Lage ständig als Kreuz zwischen Prüfung und Fertigung beschrieben werden.

>Forschungsziele<
Welche Projekt - WU (Name) tut was? (Aktuell)

GARLI
GARLI (Genetic Algorithm for Rapid Likelihood Inference - Genetischer Algorithmus der Rückschlüsse aufgrund von Wahrscheinlichkeiten trifft):

Beschreibung:
Führt eine heuristische phylogenetische Suche der Nukleotidsubstitution durch. Dabei wird das GTR-Modell verwendet - Vergleiche mit dem bekannten PAUP sind möglich. Laut Website erfolgt die Analyse mit Maximum Likelihood. Screenshots und mehr Erklärungen finden sich auf der dortigen Website.

Für Laien: erstellt Stammbäume von verwandten Organismen aufgrund von Gensequenzen.

Stichworte:
Maximum Likelihood, Parsimony und Distanzmethoden.

Weiterführende Links:
Ich verweise auf eine Präsentation(#wird aktualisiert), die ich für ein Bioinformatikseminareinmal verfasst habe, in der ich auf Maximum Likelihood sowie eine entsprechenden Algorithmus ( Quartet Puzzling ) eingehe.
Evolutionsmodelle(#wird aktualisiert), u.a. kurz über GTR - eine Präsentation meiner Mitstudenten.
Ebenso finden sich hier weitere Präsentationen zum Thema Sequenzanalyse.

HMMPfam
Beschreibung:
Mittels HMMER werden ähnliche Gen- oder Proteinsequenzen charakterisiert, bzw. Profile davon erstellt, und in Proteinfamilien eingeteilt. Dabei werden bereits bekannte Funktionen als Vorlage genommen, und neu entdeckte, unbekannte Proteine in die gleiche Gruppe klassifiziert.

Im speziellen handelt es sich hier um fast 7 Millionen Sequenzen von rund 41000 Organismen der RMIDb. Diese Datenbank besteht aus Datensätzen von fast allen großen Proteindatenbanken - und mittels hmmpfan wird eine Klassifizierung vorgenommen. Das Problem besteht darin, dass die Datenbanken alle unterschiedliche Kriterien für die Klassifizierung anlegen, und somit eine Neuberechnung erforderlich ist.

Die Einteilung in verschiedene Familien ermöglicht es, bei zukünftigen Suchen von neuen Sequenzen nur noch in der entsprechenden Familie suchen zu müssen, und damit wird der benötigte Rechenaufwand *DRASTISCH* gesenkt. Vergleichbar mit SIMAP. Dadurch erhöhrt sich natürlich auch die Wahrscheinlichkeit, bestimmte Proteine(=Gene) für bestimmte Funktionen (also auch krankheitsauslösende) bestimmen zu können.

Für Laien:
Einteilung von Millionen von bekannten Proteinsequenzen in verschiedene Familien, um spätere Klassifizierungen schneller und einfacher vornehmen zu können.

Stichworte / weiterführende Links:

HMM = Hidden Markov Models

PFAM = Datenbank für Proteinmodelle, im speziellen für Domänen - Teile von Proteinen mit bestimmten Funktionen.

RMIDb = Rapid Microorganism Identification Database(#wird aktualisiert)

MARXAN
Beschreibung:
Marxan ist ein sehr praxisorientieres und Nützliches Projekt, welches unter anderem zur Optimierung und Planung von Naturreservaten für Korallen genutzt wird. Erfolgreich wurden damit z.b. Simulationen zur optimalen Gestaltung eines Lebensraums im Great Barrier Reef durchgeführt.

Insgesamt liegt MARXAN ein sehr komplexer Algorithmus zugrunde, eine Weiterentwicklung von SPEXAN (Spatially Explizit Annealing) bezogen auf Marinesysteme.

Als Eingabe dienen Daten von Spezies, deren Habitaten, Nahrungsgewohnheiten und anderen Parametern.

Als Ausgabe wird ein Szenario generiert, welches eine möglichst hohe Artenvielfalt bei gleichzeitig hoher Populationsdichte ermöglicht.

Marxan beruht auf einem kombinatorischen Problem (Rucksackproblem). Diese weisen generell eine gigantische Anzahl von möglichen Kombinationen auf. Beispiel: Lotto. Problematisch und sehr rechenzeitintensiv ist die Tatsache, dass das Rucksackproblem NP-vollständig ist und somit die Berechnungszeit exponentiell mit der Größe der Eingabedaten ansteigt. Daher wird nicht der komplette Raum an Kombinationen durchsucht sondern durch Heuristiken nur ein möglichst vielversprechender Teil.

Marxan berechnet im Prinzip eine (nicht optimale aber hinreichend gute) Lösung des Rucksackproblems mittels Simulated Annealing.

Sim. Ann. führt dazu, dass bei Optimierungsproblemen möglichst globaloptimale Lösungen gefunden werden, da bei solchen der Algorithmus durch das weglassen großer Teile des Lösungsraums oft in lokaloptimalen Lösungen festhängt.

Für Laien:
Berechnet Simulationen um Lebensräume im Meer neu zu gestalten, zu sichern, die Artenvielfalt zu erhalten und die Population der Arten zu erhöhen.

Stichworte / weiterführende Links:

Website von MARXAN
http://www.uq.edu.au/marxan/

Planung von zu schützenden Gebieten in den Meeren
http://oceans.greenpeace.org/en/documents-reports/roadmap-to-recovery

Erklärung zu Simulated Annealing / simulierte Abkühlung
http://en.wikipedia.org/wiki/Simulated_Annealing

Erklärung zu Marxan
http://en.wikipedia.org/wiki/Marxan

Erklärung zum Rucksackproblem
http://de.wikipedia.org/wiki/Rucksackproblem


weitere Projekte:
Spoiler



Statistiken

&
. The Lattice Project - Projekt Monitor by Twodee


The Lattice Projekt - Banner





Danke an esquisse !

Hall of Fame (beta)


letzter Monat:http://img245.imageshack.us/img245/2368/hof0801dq1.png
http://image-upload.biz/files/1eac32ab3e1f10649d80ac0f7.jpg

http://image-upload.biz/files/ed353d8c45505c07e924a876e.gif

*) Grafik wird einmal monatlich aktualisiert
Warum eine Hall of Fame? Diese Frage ist einfach beantwortet, um den Mitgliedern eine Ehrentafel zu bieten die auch Milestones für das P3D Team errechnet haben, die neue Ehrentafel wird ab Januar 2007 durch mich betreut.

Diese alte Ehrentafel wurde auf folenden Projekten eingesetzt: Riesel Sieve, SHA-1 und diesen hier, unserem "The Lattice Projekt"! Für die Betreuung der Tafeln war Olivier alleinverantwortlich;)
Danke an Oliver !​
 
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JKuehl

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*WHOOMP*

Da werf ich mal ein Pfund mit rein!

Edit: heut ist übrigens ebenfalls Tag der Katzen :-)
.
EDIT :
.

woher kommen die client-errors?

"STATE 7" "could not copy..."

http://boinc.umiacs.umd.edu/results.php?userid=2209
.
EDIT :
.

"
the answer to your question is no it doesn't work on version 5.x.x at all."
 
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Mhalekith

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@JKuehl

Client Errors hatte ich vorhin auch, meine Hardware wurde etwas zu warm, aber dabei hat es die an sich stabilen Riesel WUs auch abgeschossen... Dein Link funktioniert nicht..(Unable to handle request) . Was soll mit 5.x.x sein? Vergiss nicht zu joinen! ;)

@Mhalekith

Welcome...
 

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Habe mich auch mal grade angemeldet. Mal gucken, was da geht.

<Edit> ist es normal, das die WUs so schnell fertig sind...oder hat das Projekt Probleme mit Boinc Versionen ÜBER deren 5.5.1, welche die dort angeben?
 
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manni.deutsch

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also supper geeignet für rechner die nicht soo lange am tag an sind
oder kleinere rechner

also was für mal eben zwischendurch scheind aber wesendlich stabieler zu sein als chees

mfg
 

FHen1979

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also supper geeignet für rechner die nicht soo lange am tag an sind
oder kleinere rechner

also was für mal eben zwischendurch scheind aber wesendlich stabieler zu sein als chees

mfg

Da bin ich dann mal gespannt. Bei mir läuft momentan die 5.10.17 Beta, und das total stabil. Meine ganzen Ergebnisse beim Latti laufen grade ins Pending.
 

manni.deutsch

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wau 3 mal
Berechnungsfehler !!!!

mein laptop und server laufen durch nur der andere nicht ..
muste Vcore anheben

das projekt brauch bei gleicher spannung mehr Watt als riesel ähnlich QMC min würde ich sagen

mfg
 

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@manni.deutsch

Das stimmt, das Projket heizt übrigens ganz schön, ich musste jetzt erst mal meinen Rechner zurücktakten, auf Standart 2400. Er wurde plötzlich um 5 Grad wärmer als mit Riesel (QMC macht 2-3 Grad mehr als Riesel). Und das bei WaKü... ;)

Und schoß dauernd die WUs ab, eine Riesel und zwei von den TLPs hast erwüscht....
 

manni.deutsch

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@manni.deutsch

Das stimmt, das Projket heizt übrigens ganz schön, ich musste jetzt erst mal meinen Rechner zurücktakten, auf Standart 2400. Er wurde plötzlich um 5 Grad wärmer als mit Riesel (QMC macht 2-3 Grad mehr als Riesel). Und das bei WaKü... ;)

Und schoß dauernd die WUs ab, eine Riesel und zwei von den TLPs hast erwüscht....
also haben wir ein neues STABIELITÄTS TEST projekt
nicht QMC

sonder DIES HIER QUÄLT DEN RECHNER :o :o :o bzw die cpu

sachte ich treume ich tackte nix runter habe o,o25 v mehr strom gegeben und lüfter 200 Upm mehr
edit nein reicht nicht ...
nun geh ich mal 200 mhz runter mal sehen ob er dann durchleuft ohne fehler


mfg
 
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Müßt ihr sowas machen wenn ich uff der Maloche bin, dann muß ich ja noch bis morgen wartenzum joinen *buck*
 

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Und vor allem der Vorteil ist, er bricht schneller ab als QMC... Weil er mehr belastet ist. Bisher hatte ich auch QMC als Stabilitätstest. Und es ist ägerlich wenn er nach Stunden erst abbricht.

Leider kann ich nicht mehr Spannung bei meinen MB geben, bei 1,45 Volt ist Schluss...

Und ich habe Angst das es meine CPU zerschießt... ;)

Hier beim TLP war schon nach der 5 WU Schluss (15 Minuten), wobei das System ansich zu 99% zu stabil lief... Es hat erst am Wochenende 3 Tage @ 100% durchgerieselt und nebenbei wurde gespielt. *buck* TLP ist hart...
 

AndreaHH

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jo ist schnell nebenbei gecruncht, ist mal nen bissl Abwechslung ... und vielleicht ne alternative zu SL ...

Übrigens Employ ... wir haben uns schon verdoppelt ... 8 Mitglieder sind wir ... :D
 

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schön zu wissen, daß mein Sys Bombestabil ist *gg*
no Probs here bisher ;)
 

AndreaHH

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jo der Quad is ooch QMC und Co. Stable ... aber ja nix overclocked
 

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...
Übrigens Employ ... wir haben uns schon verdoppelt ... 8 Mitglieder sind wir ... :D

Jhaahrr, wehe nochmal das böhse Wort mit y, bin ja kein Entwickler, sondern nur ein Emploi; was ist französisch ist... *buck*

@ L3X4 ->9 jawohl

@Mhalekith

Sagen wir lieber mal rockstable... Bombe is nicht gut... :-[

@ALL

Schön das ihr Alle mitmacht! *rose*
 

Mhalekith

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rockstable ist mir aber zu wenig ;)
 

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Irgendwie zieh ich immer nur eine Wu. Die wird gecruncht dann wieder nur eine, habt ihr das auch?

Und das ist ja auch was für towdee da gibbet pending credits ;D
 
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AndreaHH

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hmmm mehr wie 5 WU´s bekomm ick ooch nicht mit dem Quad ...

Emploi *rose* ... sorry ... ist halt so in der EDV Welt da denkt man eher ans englische als an Französisch ...
 

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Kein Problem @FeuerKater


@ALL

Das Geheimnis mit den WUs habe ich auch noch nicht rausgefunden. Es komme im jeden Fall immer zu wenig. Also nicht als Hauptprojekt wählen, wenn ihr 100% Auslastung wollt. Also 1-5 bekomme ich immer, aber es müssen leider immer alle berechnet werden, bevor ich neue WUs bekomme und bei 5 wird schnell mal eine allein berechent wenn man nicht andere Projekte hat... (wie RS zum Beispiel)

Cache ist wie immer auf 3 Tage eingestellt. *noahnung*

@Captn-Future

Glaub nicht da es am Client liegt?! *noahnung* Oder?
 
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Captn-Future

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Man ist das Projekt kritisch. Auf beiden Rechnern sofort "Berechnungsfehler".

Liegts am Client? Hab den SSE optimierten drauf.
 

L3X4

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