PCIe 2.0 soll abwärtskompatibel sein zu PCIe 1.0, alte Karten laufen also in neueren Slots. Neue Funktionen im Vergleich zu PCIe 1.0 sollen eine dynamische Verwaltung der Transfergeschwindigkeit des Links sein sowie standardisierte Benachrichtigungen über die aktuelle Übertragungsleistung (Link Bandwidth Notification), also Datentransferrate pro Lane und Zahl der Lanes pro Link.