Neues deutsches Bioinformatik-Projekt

snicK

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wie sieht der aktuelle Stand aus, kann man das Projekt wieder rechnen ohne dass der Arbeitsspeicher bis zum Anschlag gefühlt wird?
 
G

Gast02102016

Guest
Derzeit alles dabei, von 600MB bis 2,5GB. Mithilfe erwünscht, mein gigantischer Pendinghaufen muss mal wech. ;)
 

Crashtest

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Naja es gibt auch größere WUs (RAM)

isch_brauch_mehr_ramxq20.jpg
 

orpheus2k

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In knapp 24h haben wir es auf Platz 2 geschafft, eine saubere Leistung!
 

Michael H.W. Weber

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wie sieht der aktuelle Stand aus, kann man das Projekt wieder rechnen ohne dass der Arbeitsspeicher bis zum Anschlag gefühlt wird?
Jawoll, man kann. :D

Wir haben die RAM-Fresser aus dem Programm genommen, bis wir das Problem in den Griff bekommen haben (eine Lösung dafür haben wir und an deren Umsetzung wird momentan gearbeitet) und stattdessen ein weiteres Projekt aus unserem Portfolio eingestellt, das mit Tuberkulose zu tun hat. Weitere Infos dazu stehen auf der NEWS Seite des Servers und im Wiki (Scientific Objectives). Die neuen WUs sollten eigentlich für jede Maschine problemlos zu bearbeiten sein.

Michael.

P.S.: Sorry, aber da ich noch immer in Indien weile, ist es gelegentlich etwas dürftig mit dem Internetanschluß.
 

snicK

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hab meine Rechner mal wieder drauf angestzt.
Rechenzeit liegt momentan auf einem i7 @2,67GHz zwischen 1 - 10min.
Der RAM Bedarf liegt nun so zwischen 5 - 12MB :)
 

HGW

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auch nicht das gelbe vom ei:

erst das:

27.04.2010 12:40:33 RNA World Sending scheduler request: To fetch work.
27.04.2010 12:40:33 RNA World Reporting 57 completed tasks, requesting new tasks for CPU
27.04.2010 12:40:43 RNA World Scheduler request completed: got 0 new tasks
27.04.2010 12:40:43 RNA World Message from server: No work sent
27.04.2010 12:40:43 RNA World Message from server: (there was work but it was committed to other platforms)

und 10 min. warten

und dann das:

27.04.2010 12:51:15 RNA World Sending scheduler request: To fetch work.
27.04.2010 12:51:15 RNA World Requesting new tasks for CPU
27.04.2010 12:51:30 RNA World Scheduler request completed: got 1 new tasks

und wieder: 10 min. warten

27.04.2010 13:01:40 RNA World Sending scheduler request: To fetch work.
27.04.2010 13:01:40 RNA World Reporting 1 completed tasks, requesting new tasks for CPU
27.04.2010 13:01:55 RNA World Scheduler request completed: got 14 new tasks
 
Zuletzt bearbeitet:

Michael H.W. Weber

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Wir haben mal wieder eine Serie kleiner WUs zu prozessieren. Um den Server zu schonen, der trotz erstklassiger Ausstattung die schon im Detail anderswo beschriebenen Massen an MySQL-Anfragen nicht schnell genug abarbeiten kann, setzten wir bislang ein Delay ein, welches die Anfragefrequenz drosselt. Das nervt. Wir müßten im Grunde mehrere Server einsetzen, die mit dem Ansturm an Connections klarkommen, werden dies aber nicht finanzieren können. Also arbeiten wir momentan daran, in der Zukunft diese kleinen WUs - die immer wieder anfallen werden, da wir auch Plasmide und Phagen durchmustern - auf dem Server abarbeiten zu lassen. Aus diesem Grund ist der WU-Generator momentan gestoppt. Ich hoffe, daß es sobald wir den WU-Generator wieder reaktivieren, dieses Anfrage-Delay nicht mehr geben wird.

Michael.
 

Michael H.W. Weber

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So, das Problem ist gelöst, der WU-Generator läuft wieder und die kleinen WUs werden ab sofort mit ganz wenigen Ausnahmen hauptsächlich auf dem Server prozessiert. Auch das Server Response Delay haben wir drastisch runtergesetzt, sodaß kein Verbindungsproblem mehr auftreten und jeder reichlich mit WUs versorgt werden sollte. Wir haben ehrlich gesagt momentan soviel Arbeit, daß wir händeringend auf etwas mehr Unterstützung hoffen. ;D

Michael.

P.S.: Auch das Problem mit dem riesigen RAM-Anspruch unserer CMSEARCH Monster WUs scheint gelöst, jedenfalls haben wir ein neues Progrämmchen entwickelt, das diesbezüglich bereits in der praktischen Testphase ist (zunächst im Lokalbetrieb).
 

Michael H.W. Weber

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RAM Bedarf liegt bei ungefähr 100MB meist aber etwas drunter.:)
Laufzeiten schwanken zwischen 3min und 1,5h, wobei die meisten so bei 1h liegen.
Zu den Punkten, granted credits sind doppelt so hoch wie die claimed credits.
 

Michael H.W. Weber

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...seit der letzten Info auf unserer Mainpage läuft das Projekt absolut rund. Keinerlei gemeldete Fehler, usw. Wir haben nach wie vor einen Riesenbedarf an Rechenleistung und würden uns natürlich über jede weitere Unterstützung freuen. ;D

Michael.
 

Sabroe SMC

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...seit der letzten Info auf unserer Mainpage läuft das Projekt absolut rund. Keinerlei gemeldete Fehler, usw. Wir haben nach wie vor einen Riesenbedarf an Rechenleistung und würden uns natürlich über jede weitere Unterstützung freuen. ;D

Michael.
Gerne wieder wenn der Pentathlon am 19.5.10 vorbei ist.
 

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18.05.2010 20:13:15 RNA World Sending scheduler request: Project initialization.
18.05.2010 20:13:15 RNA World Requesting new tasks for CPU and GPU
18.05.2010 20:13:17 Project communication failed: attempting access to reference site
18.05.2010 20:13:18 Internet access OK - project servers may be temporarily down.
18.05.2010 20:13:20 RNA World Scheduler request failed: Couldn't resolve host name
Obwohl alles "Grün" ist... ?
 

yoyo

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Das müßte dann auf Deiner Seite liegen, das Problem. Der Server schnurrt und andere User werden bedient.
yoyo
 

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Möglich das mein tolles UMTS dieses Problem verursacht... :(
 

Sabroe SMC

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