Micro-ATX + S939 + AGP = schlechte Auswahl. Bleiben Boards wie das ASUS A8V-MX (K8M800, immerhin mit der VT8251, ob AGP/PCI-Fix weiß ich allerdings nicht) oder das ASRock 939A8X-M (ULi M1689).
Bei Boards mit PCIe x16 sieht's viel besser aus, da wären bspw. empfehlenswert: Biostar TForce 6100-939 oder Foxconn 6150K8MA-8EKRS.