TN-Grid

Krümel

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koschi

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Danke, bei mir ist die FMA app am schnellsten, laut test_run2.sh Skript.
 

Krümel

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FMA habe ich unter Win 10 nicht ausprobiert, die originale App macht da ja Probleme mit dem R7. :(
Die neue AVX-App ist aber gut 6 Minuten Schneller als die alte unter Win 10 (@ 3,2 GHz mit SMT).
 

koschi

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Größtenteils (95%) mit der neuen App berechnet:

Code:
avg time (out of 202 results): 1601, avg credit: 20
Number of reported cores: 16
Per core 1079 / day
Per system 17264 / day


Ein paar sind jedoch noch mit der alten FMA berechnet worden, sehen nicht wirklich langsamer aus...
Code:
9237928 	4433864 	10 Apr 2017, 19:17:35 UTC 	10 Apr 2017, 19:44:35 UTC 	Fertig und Bestätigt 	1,162.49 	1,143.24 	19.65 	gene@home PC-IM v1.03 (fma)
9238010 	4433905 	10 Apr 2017, 19:17:35 UTC 	10 Apr 2017, 19:44:35 UTC 	Fertig und Bestätigt 	1,177.74 	1,160.09 	19.51 	gene@home PC-IM v1.03 (fma)
8465914 	4054023 	31 Mar 2017, 8:40:25 UTC 	31 Mar 2017, 19:47:26 UTC 	Fertig und Bestätigt 	1,634.92 	1,563.24 	25.84 	gene@home PC-IM v1.03 (fma)
8461498 	4051827 	31 Mar 2017, 7:04:43 UTC 	31 Mar 2017, 18:22:33 UTC 	Fertig und Bestätigt 	1,630.54 	1,597.53 	21.85 	gene@home PC-IM v1.03 (fma)
8394423 	4019847 	30 Mar 2017, 4:17:31 UTC 	30 Mar 2017, 7:10:22 UTC 	Fertig und Bestätigt 	1,552.26 	1,495.24 	21.64 	gene@home PC-IM v1.03 (fma)
8381268 	4013411 	29 Mar 2017, 23:22:32 UTC 	29 Mar 2017, 23:54:51 UTC 	Fertig und Bestätigt 	1,548.34 	1,473.27 	21.19 	gene@home PC-IM v1.03 (fma)
8381008 	4013281 	29 Mar 2017, 23:18:30 UTC 	29 Mar 2017, 23:52:28 UTC 	Fertig und Bestätigt 	1,561.32 	1,477.90 	21.19 	gene@home PC-IM v1.03 (fma)
 

Krümel

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Neu
92849614457128261811 Apr 2017, 8:26:46 UTC11 Apr 2017, 11:37:27 UTCFertig und Bestätigt1,949.861,923.6620.68gene@home PC-IM
Anonyme Plattform (CPU)

Alt
8904675427011526186 Apr 2017, 19:59:55 UTC10 Apr 2017, 17:58:39 UTCFertig und Bestätigt2,347.552,247.2221.85gene@home PC-IM v1.02 (avx)

 

koschi

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Hmm, seit dem BIOS/AGESA Update heute sind 50 Einheiten in je ~1330 Sekunden (vorher ~1600) fertig geworden. Hoffe das ist nicht nur ein kurzer Batch :-D

--- Update ---

scheint eher ein kurzer Batch zu sein, mit meiner Vergleichs-WU bleiben die Zeiten gleich...
 

Krümel

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Hmm, ich scheine jetzt eine lange Batch erwischt zu haben, die WU-Zeiten sind auf ca. 1:45 h angestiegen. ...
 

koschi

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Hui, hier ist aber auch einiges an Zeit vergangen :-D

Tn-Grid verdient imho auch mehr Aufmerksamkeit!

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=265#1731
valterc schrieb:
I just put into the queue all the genes related to SARS-CoV-2 according to this paper https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.22.002386v3

The data we used are available here https://public.ndexbio.org/#/networ...913d71c171068c75c722e54649a83868feff7f239a548

Description: Interactomes for SARS-CoV-2 (coronavirus) the virus causing COVID-19. Interactomes have been performed in multiple cell lines, including HEK-293T, and a lung cell line, A549.

Workunit's id will start at 165735_Hs to 166977_Hs, that's the expansion of 1242 gene isoforms, each one will be 294 workunits, so there is plenty of work to do...

Es gibt reichlich Arbeit und ein Virus will besiegt werden ;-)
 

sompe

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Taucht das in der Projekt Suche des BM garnicht auf?
Ich wollte endlich mal "Jack" richtig einfahren.
 

Ritschie

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Und nicht wundern wenn anfangs unterschiedliche WUs kommen (SSE2, AVX und FMA (unter Linux)), das Projekt vergleicht die Laufzeiten und beliefert Dich dann nach einer Zeit nur noch mit den effektivsten für Dein System.
 

Landjunge

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Läuft auch tiptop auf Raspberry Pi's.
 

sompe

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War ja klar, kaum bandel ich mit der Konkurrenz an spuckt Rosetta auch wieder WUs aus. *buck*
Na jetzt kann er sich erstmal mit TN-Grid einrechnen.
 

Ritschie

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War ja klar, kaum bandel ich mit der Konkurrenz an spuckt Rosetta auch wieder WUs aus.
Ich lasse einfach beide laufen. Das entlastet zum einen den RAM-Verbrauch, der ja bei Rosetta recht hoch ist. Zum anderen ist bei der unzuverlässigen Versorgung mit WUs ein Backup-Projekt durchaus sinnvoll.

Gruß
Ritschie
 

olsen_gg

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Ha! Rosetta! Dann war mein Xeon gar nicht schuld...

ich habe den einen wegen der langen Laufzeiten leerlaufen lassen und den zweiten von WCG abgezogen. Dann wollte ich rosetten laden und habe keine gekriegt. Projekt entfernt und neu hinzugefügt, keine Wuzen, keine Fehlermeldungen.
Ja, nun ist der erste Xeon aus und der zweite wieder bei WCG. *noahnung*
 

sompe

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Ich lasse ihn erstmal ohne SMT einlaufen damit die Rechenzeiten eindeutig sind und gehe dann wohl auch zu der Mix Lösung über denn für 128 Rosetta Threads ist der RAM bei den covid-19 WUs eh zu knapp. *g*
 

MagicEye04

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Erkennt man irgendwie an den WU-Namen, welche WUs bei TNgrid für Corona zuständig sind?
CCD86
BCKDK
BCS1L
AT6AP1
 

Ritschie

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Würde mich auch interessieren. Aber da man's eh nicht auswählen kann, lass ich einfach laufen.

Aber warum verdrängt TN-Grid bei mir alle anderen Projekte, trotz identischer Priorität? Sowas nervt mich! Da werden Rosen verdrängt, die am 06. fällig sind und Sixtracks die am 09. ablaufen. Lieber wird dann mit 32 Threads an den TNs rumgefummelt, die bis 10. haltbar sind *motz* In solchen Sachen ist der BM echt "unkomfortabel", um es mal gemäßigt auszudrücken.

Gruß
Ritschie
 
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MagicEye04

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Ist das Wechselintervall zwischen den Projekten zu kurz?
Ansonsten stell den Bunker auf ca. 5 Tage - dann sollte der BM streng nach Datum abarbeiten.
 

Ritschie

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Ist das Wechselintervall zwischen den Projekten zu kurz?
Stand auf 60 Minuten. Hab's jetzt mal auf 300 Minuten hochgestellt. So ganz hat sich mir der Sinn dieser Einstellung aber nie erschlossen *noahnung*

Ansonsten stell den Bunker auf ca. 5 Tage - dann sollte der BM streng nach Datum abarbeiten.
Da hab ich außerhalb von Bunkeraktionen eigentlich keine Lust drauf, weil ich gerne spontan bleiben will.

Gruß
Ritschie
 

MagicEye04

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Ich habs meist auf 9999 Minuten.
Projekte, wo es lange keine WUs gab oder die neu hinzugefügt werden, bekommen da anscheinend nach den voreingestellten 60 Minuten Zeit zugewiesen, egal wie niedrig sie priorisiert sind.
Aber das Priorisieren klapp nie richtig, wenn man sich nur auf die % verlässt - dafür sind die deadlines einfach zu unterschiedlich
 

Ritschie

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@ Magic: danke für den Hinweis - ich werd die Einstellung mal versuchen und das Ganze im Auge behalten.

Und nicht wundern wenn anfangs unterschiedliche WUs kommen (SSE2, AVX und FMA (unter Linux)), das Projekt vergleicht die Laufzeiten und beliefert Dich dann nach einer Zeit nur noch mit den effektivsten für Dein System.
Komisch, bei mir ist sich das System nach ca. 24 Studen immer noch nicht sicher und verteilt weiterhin munter unterschiedliche Anwendungen.

Gruß
Ritschie
 

Krümel

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Ja, das dauert etwas... aber am Ende geben sich alle nicht viel.
 

Krümel

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