RNA@home: P3D vs SETI.Germany

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Irgendwie sind da immer wieder WUs dabei, die trotz eines Fortschritts von 100% endlos weiter laufen. Ist das normal, oder soll man die abbrechen?
 
wenn im WU-namen Intron_qpI steht dann kann die tage/wochen so weiterlaufen, ansonsten ist das normal, weil aus diversen gründen die progressbar nicht 100% stimmt und die WU mal überziehen mal auch schneller durch sind. (so ne art eieruhr)
die sollen aber demnächst (wie andere üble kandidaten) nur noch an leute verschickt werden die explizit test apps/test WU in den projekteinstellungen zulassen.
ist noch nicht umgesetzt - wird aber kommen.

sollte yoyo es die tage schaffen, die kommenden (ultrakurzen) viren WU zusammenzufassen und zu 1h-xh paketen zu bündeln und sie sauber durchlaufen und validieren, hätte das noch den nebeneffekt, dass eine art checkpoint in dieser art von WU drin steckt.
soll heissen jede kurze WU die fertig ist wird vermerkt und man fängt da an wo man aufgehört hat beim neustart.
geht aber halt nur wegen der ultrakurzen länge ( wenn es denn funktioniert ).
wenn ein (bio)informatiker lust und etwas zeit hat das checkpointingproblem (oder sonstiges) mit zu lösen, dann möge er sich bei Michael oder Yoyo melden :D
 
Zuletzt bearbeitet:
Erstmal wahrscheinlich für win.
yoyo
 
>600 MB hat mir RNA in einen halben Tag gesaugt (3=1 GB) und mich damit vorzeitig aus der Verbindung gekickt... Problem ist ja bekannt.. Bei mir haberts wieder mal an der UMTS Anbindung, irgendwas ist ja immer. :(

Vielleicht setzt ich noch nen Linux auf, um die Calibrate zu berechnen, die sind ja bekanntlich etwas länger als (2 Minuten/6 Kerne=) 20 Sekunden.
 
So; die nächsten Tage wird es keine WUs von mir geben; jeder meiner Rechner hat nun so ein paar Monster zu beackern....*buck*
 
Moin Jungs,
nochmal für alle zum mitschreiben. *buck* Die Monster-WUs sind (inzwischen) Ausnahmen. Gerade diese laufen aber teilweise bis zu 10x länger, als der Fortschrittsbalken euch andeutet. Auch bei kürzeren WUs ist der Balken gelegentlich (d.h. seltener) einen Scheiss wert. Ich sage es mal so deutlich, in der Hoffnung, es möge sich so umso deutlicher einprägen. ;D Der Grund ist, dass der Balken auf einem Vorhersagealgorithmus beruht, der in der (nicht von uns entwickelten) Science Applikation integriert ist. Und da diese Applikation Zufallselemente enthält, kann er nicht genau sein. Das wird für unsere Kovarianzrechnungen (Infernal: CMSEARCH, CMCALIBRATE, CMALIGN, CMBUILD) vermutlich immer so sein.

Ich darf aber an dieser Stelle vielleicht andeuten, dass wir auch andere Applikationen anbieten werden, denn RNA World zielt darauf ab, in der Endausbaustufe ALLES an RNA-relevanter Software von Rang und Namen zu integrieren. Und da sollte der Fortschrittsbalken ordentlich funktionieren. Gerade heute meldete mir Tilman, unser "Oberkompilator", :D dass die nächsten beiden Applikationen zur Integration in RNA World bereit stehen. Diese werden RNA Sekundärstrukturen vorhersagen und zwar zum einen basierend auf einem thermodynamischen Ansatz und komplementär dazu auf einem kinetischen. Wir bleiben gewiß nicht dabei stehen, neue Mitglieder bekannter RNA Familien in neu sequenzierten Organismen zu identifizieren, sondern wollen ganz neue Familien auffinden - und zwar vollautomatisiert und dafür haben wir bereits ein ausgearbeiteten Ansatz, der allerdings noch einiges an Programmierarbeit erfordert.

Wir planen desweiteren das GROMACS Paket zu integrieren. Was das ist? Kennt hier jemand Folding@home? :) Also wir möchten gerne Faltungs- und Strukturmodelle für all unsere RNAs haben, nach Möglichkeit ebenfalls voll automatisiert. *buck*

Inzwischen haben wir auch zwei voll funktionstüchtige Eigenentwicklungen im Stall, die aber aus Mangel an Manpower leider noch nicht als verteiltes System unsere RNA World Teilnehmer beglücken dürfen. Kommt aber sicher noch.

Es liegt also einiges an...

Michael.
 
Zuletzt bearbeitet:
Ich möchte auch gern weiterhelfen beim Rückgewinn von P1.
Leider streikt mein PC wieder rum, selbes Problem wie letzte Woche. Aus unerklärlichen Gründen laufen mehr als 6 WUs gleichzeitig, bzw blockieren die 6 laufenden WUs.
Den Arbeitspuffer hab ich reduziert auf 3 Tage, trotzdem taucht das Problem noch auf.
Ich werde RNA erstmal aussetzen und schaun, ob solche Probleme bei simap im Zusammenhang mit dem BOINC Scheduler auch auftauchen.
Kann es an den kurzen Laufzeiten der letzten WUs von RNA liegen? Ich habe für den 6Core über 1200 erhalten für 3 Tage Puffer. Oder sollte ich mal ne 'Beta' Version des BOINC Manager ausprobieren??

EDIT:
Ich habe nun mal alle RNA WUs suspendet. Dabei hat der BOINC Manager dann 6 neue simap WUs gestartet.
In der Prozessübersicht konnte ich dann beobachten, dass die 6 simap WUs hinzugekommen sind, jedoch die RNAs im Hintergrund (unsichtbar für BOINC?) noch CPU Rechenzeit verbrauchen.

Wenn ich das simap Projekt ganz suspende, laufen dessen WUs im Hintergrund auch weiter. Irgendwas stimmt da mit BOINC nicht so ganz!
 
Zuletzt bearbeitet:
Was für eine BOINC-Version läuft denn da bei Dir? Ich konnte ein solches Problem auf keinen meiner Maschinen je beobachten.

Michael.
 
Ich nutze die aktuelle Recommended version 6.10.58.
Wie stabil ist die Development version 6.12.15??
 
ins verzeichnis wechseln wo boincordner zu sehen ist. (Boinc)
boinc_6.12.15_x86_64-pc-linux-gnu.sh dorthin kopieren (nicht in den boincordner ;) )
chmod 755 boinc_6.12.15_x86_64-pc-linux-gnu.sh (ausführbar machen)
alten boinc erstmal stoppen.
./boinc_6.12.15_x86_64-pc-linux-gnu.sh (ausführen)
boinc wieder starten. ;)
 
Zuletzt bearbeitet:
sudo als erstes Kommando im Zweifel.
 
Irgendwas mach ich wohl noch falsch:
> /etc/init.d/boinc-client stop
* Stopping BOINC core client: boinc
... waiting . ...done.
> /etc/init.d/boinc-client status
* Status of BOINC core client: stopped
> chmod 755 boinc_6.12.15_x86_64-pc-linux-gnu.sh
> ./boinc_6.12.15_x86_64-pc-linux-gnu.sh
use /var/lib/BOINC/run_manager to start BOINC
> /var/lib/BOINC/run_manager
./boincmgr: error while loading shared libraries: libnotify.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
Zum Vergrößern anklicken....
 
Eigentlich wollte ich nur bis 50k mitmachen, aber da ich eh noch 11k als pending habe und noch ne Menge WUs auf Lager habe werde ich die 100k noch vollmachen.

Vllt. liegt P3D dann ja auch wieder auf Platz 1 :)
 
thorsam schrieb:
Das ist natürlich gleich die verschärfte Variante. Da muß man schon echt Ahnung haben. ;)

Vermutlich fehlen die ganzen 32-Bit-Bibliotheken.
In der Wiki von QMC gibt es einen Absatz dazu. http://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php/QMC@Home
Aber vermutlich mußt Du danach googlen. Hilft nichts, wenn ich Dir erzähle, wie es unter SuSE funktioniert.

Gruß thorsam
Zum Vergrößern anklicken....

Das hatte ich schon mitbekommen und auch installiert.
Das Boinc Paket für Ubuntu, also die 6.10.58 läuft ja auch, nur wollte ich auf die letzte Beta updaten und irgendwo hakt es dann dort bei mir.

Sightus schrieb:
Wieder 1. Platz ;D
Zum Vergrößern anklicken....
Super, ich hoffe mein PC punktet fleißig weiter bis ich morgen wieder komme!
 
@Michael H.W. Weber

Sorry war durch Grippe ausser gefecht gesetzt :] , deswegen jetzt erst meine Antwort.

Zu deiner Frage "Läuft in BOINC neben RNA World noch ein anderes DC-Projekt und falls ja, welches?"

Ja PrimeGrid läuft noch nebenzu. Hatte aber bisher kein Problem damit...teu teu teu


P.S Teste jetzt auch schon seit einigen Tagen die BOINC Version 6.12.15 (x64) und bisher alles iO.
 
Zuletzt bearbeitet:
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